Tổng giáo phận TP. Hồ Chí Minh ngày nay là phần đất còn lại của giáo phận Tây Đàng Trong hay giáo phận Sài Gòn, từ năm 1924. Ngày 2-7-1976, Quốc hội khoá VI nước Cộng Hoà Xã Hội Chủ Nghĩa Việt Nam đã chính thức đổi tên Sài Gòn thành thành phố Hồ Chí Minh. Ngày 23-11-1976, Toà Thánh cũng đổi tên giáo phận như tên hành chính theo yêu cầu của TGP.
LƯỢC SỬ
Trước khi Thống Suất Nguyễn Hữu Cảnh lập phủ Gia Định, lấy xứ Sài Gòn làm huyện Tân Bình và Đồng Nai làm huyện Phước Long năm 1698, đã có nhiều Kitô hữu sinh sống tại đây. Từ 1641-1645, nhiều Kitô hữu chạy trốn cuộc cấm đạo của chúa Nguyễn đến vùng Thuỷ Chân Lạp: Chợ Quán, Đông Phố (Gia Định), Lái Thiêu, Bến Gỗ để làm ăn sinh sống và quy tụ thành những cộng đoàn đầu tiên. Theo cha Juan Antonio Arnedo (1660-1715), các thừa sai dòng Tên đã theo đám di dân vào vùng đất Sài Gòn vào cuối thế kỷ XVII.
Ngày 9-9-1659, bằng Sắc chỉ Super Cathedram, Toà Thánh thành lập hai giáo phận ở Việt Nam: Đàng Trong và Đàng Ngoài. Giáo phận Đàng Trong (bắt đầu từ sông Gianh tới Nha Trang) do Đức cha P. Lambert de la Motte làm đại diện tông toà. Vùng Chăm, Cambodia và Xiêm (Thái Lan) trực thuộc giáo phận Malacca. Ngày 13-1-1665, Toà Thánh sáp nhập xứ Chăm và Cambodia vào giáo phận truyền giáo Đàng Trong. Vùng đất Sài Gòn đã có các gia đình Công giáo chạy trốn cuộc bách hại và làm ăn buôn bán tại Cù Lao Phố, khu Chợ Quán, Gia Định.
Khoảng năm 1700, cha Emmanuel Quintão (S.J.) hoạt động ở Cù Lao Phố (Biên Hoà) và Chợ Quán, năm 1723, ngài trao vùng Chợ Quán cho cha François José García, dòng Phanxicô, coi sóc. Cha José dựng nhà thờ tại Chợ Quán năm 1727, nơi đây có khoảng 300 giáo dân; đến năm 1730, cha dựng thêm nhà thờ Chợ Lớn. Cha José ghi nhận ngày hôn chân Chúa năm 1739, đã có 2.000 giáo dân (chỉ tính người bỏ tiền). Năm đó Sài Gòn Hạ có 1.500 giáo dân, Chợ Lớn 1.000. Năm 1743, nhân sự giáo phận Đàng Trong gồm 12 linh mục dòng Tên, 9 linh mục dòng Phanxicô, 6 thừa sai Paris, 2 linh mục thuộc Thánh Bộ và một số linh mục Việt Nam.
Cuộc cấm đạo của Võ Vương Nguyễn Phúc Khoát (1738-1765) đã làm nhiều giáo dân dọc theo những vùng miền Trung xuôi về Nam. Sau khi Võ Vương băng hà, Định Vương lên nối ngôi, cuộc cấm đạo không còn gắt gao như trước nữa, nên các sinh hoạt của giáo dân được phục hồi và có phần ổn định. Đức cha Guillaume Piguel (MEP) (1764-1771) thường xuyên lui tới các vùng Chợ Quán, Đồng Nai để ban bí tích Thêm Sức.
Trong thời gian từ năm 1771-1801, quân Tây Sơn thắng thế trong cuộc chiến tranh giành chủ quyền với chúa Nguyễn. Năm 1773, quân Tây Sơn đánh chiếm Nam Hà Quốc, Huệ Vương cùng với con cháu phải chạy xuống miền Nam. Năm 1776, cha con Huệ Vương bị bắt và bị sát hại tại Long Xuyên, chỉ còn người cháu nội là Nguyễn Ánh nối nghiệp, quân - lương hầu như cạn kiệt. Nguyễn Ánh tìm gặp Đức cha Pigneau de Béhaine (Bá Đa Lộc) và được Đức cha tận tình giúp đỡ. Đức cha đã nhận đưa hoàng tử Cảnh sang Pháp cầu viện.
Năm 1802, Nguyễn Ánh lên ngôi, lấy hiệu là Gia Long. Trong thời gian này, giáo dân tại một số vùng miền Nam được yên ổn giữ đạo. Nhà thờ Chợ Quán được xây dựng năm 1793. Năm 1790, Nguyễn Ánh cũng cất cho Đức cha Bá Đa Lộc một toà nhà yên tĩnh gần rạch Thị Nghè, gọi là dinh Tân Xá. Đây là nơi học tập của hoàng tử Cảnh và cũng là nơi Đức cha dùng làm toà giám mục. Năm 1799, khi Đức cha Bá Đa Lộc qua đời, giáo phận Đàng Trong do Đức cha Jean Labartette Gioang cai quản từ 1793-1823. Ngài được tự do đi lại thăm viếng các họ đạo.
Năm 1820, hoàng tử Đảm lên ngôi, lấy hiệu Minh Mạng. Nhà vua rất ghét đạo Thiên Chúa nên đã tập trung các giáo sĩ, thừa sai nước ngoài về Huế, cố ý giam lỏng không cho các ngài giảng đạo. Nhờ sự bảo trợ của Tả Quân Lê Văn Duyệt, tổng trấn Gia Định, giáo dân miền Nam bớt bị bách hại hơn, nhưng khi Lê Văn Duyệt mất (1832), vua Minh Mạng bãi chức tổng trấn, trấn Gia Định được chia thành 6 tỉnh gọi là Nam Kỳ Lục Tỉnh: Gia Định, Biên Hoà, Định Tường, Vĩnh Long, An Giang và Hà Tiên. Vua Minh Mạng quyết liệt ra sắc dụ cấm đạo, ông hành tội Lê Văn Duyệt, khiến cho người con nuôi của Lê Văn Duyệt là Lê Văn Khôi nổi dậy chống triều đình Huế. Một ít người Công giáo đã tham gia cuộc nổi dậy khiến cho nhà vua và triều đình Huế càng có cớ bách hại đạo. Trong cuộc dẹp loạn, cha J. Marchand Du bị xử lăng trì ở Huế, cha Phước bị xử bá đao tại Sài Gòn chung với một số tín hữu và tất cả được chôn chung trong một hố sâu gọi là Mả Nguỵ. Đức cha Jean Louis Taberd (1827-1840) phải rời Lái Thiêu sang Thái Lan (Xiêm), nhiều nhà thờ bị triệt hạ, nhiều giáo sĩ và giáo dân bị bắt, nhà thờ Chợ Quán bị phá thành bình địa năm 1834, bổn đạo tản về các miền Gò Vấp, An Nhơn, Xóm Chiếu hoặc những vùng ở miền Đông như Đất Đỏ, Tân Triều, Lái Thiêu. Lúc đó, Đức cha Entienne Théodore Cuénot Thể ẩn mặt ở Gò Thị (Quy Nhơn) để cai quản giáo phận Đàng Trong.
Ngày 2-3-1844, Đức Thánh Cha Gregorius XVI chia giáo phận Đàng Trong thành 2 giáo phận Đông Đàng Trong (Quy Nhơn) và Tây Đàng Trong (Sài Gòn). Tây Đàng Trong gồm lục tỉnh Nam Kỳ cho đến hết xứ Cambodia, do Đức cha Dominique Lefèbvre Ngãi coi sóc. Toà giám mục Tây Đàng Trong có lúc đặt tại Lái Thiêu.
Ngày 30-8-1850, với Sắc chỉ Quo-ties Benedicente, Toà Thánh cắt một phần đất thuộc giáo phận Tây Đàng Trong lập giáo phận Nam Vang (Cambodia). Phần đất còn lại vẫn mang tên giáo phận Tây Đàng Trong, do Đức cha Lefèbvre coi sóc. Giáo phận chia làm 12 hạt: Đất Đỏ, Tân Triều, Lái Thiêu, Thủ Đức, Thị Nghè, Chợ Lớn, Thủ Ngữ, Xoài Mít, Cái Nhum, Cái Mơn, Bãi San và Đầm Nước. Chủng viện được lập tại Thị Nghè trong vùng đầm lầy, rừng dừa nước; dòng Mến Thánh Giá được lập tại Cái Nhum và Cái Mơn, do các nữ tu từ Đất Đỏ, Tân Triều quy tụ lại sau những cơn bách hại.
Vào năm 1860, tàu Pháp đã hoạt động thường xuyên ở các cửa: Cần Giờ, Vũng Tàu và Hòn Khói (Cam Ranh) có ý xâm chiếm nước ta. Vua Tự Đức cử Nguyễn Tri Phương làm nguyên soái trấn giữ Sài Gòn. Cuộc chiến giữa Pháp và Việt đã khiến nhiều xứ đạo bị tàn phá, nhiều tín hữu bị bắt giam và giết hại như ở ngục Biên Hoà, Phước Lễ, Long Điền, Đất Đỏ, Long Kiên (1861-1862).
Sau khi Pháp chiếm được thành Sài Gòn (2-1859), các thừa sai Pháp bắt đầu xây dựng lại các cơ sở ở giáo phận Tây Đàng Trong như: nhà thờ Xóm Chiếu và lập chủng viện tại đây năm 1861, dinh Tân Xá được Đức cha Lefèbvre Ngãi dùng làm toà giám mục tạm thời. Tại Sài Gòn, nhiều họ đạo mới được thành lập như Chợ Quán, Cầu Kho, Chợ Lớn, Cầu Bông (Gia Định), Chí Hoà, An Nhơn, Gò Vấp, Hóc Môn, Bà Điểm, Tân Hưng; dòng La San và Phaolô thành Chartres được mời sang Việt Nam để lo việc giáo dục xã hội.
Ngày 7-10-1877, Đức cha I.F.J. Colombert Mỹ đặt viên đá đầu tiên xây dựng nhà thờ Đức Bà và hoàn thành ngày 11-4-1880. Đức Gioan XXIII ban Sắc chỉ Spectabile Monu-mentum nâng nhà thờ Đức Bà lên hàng Vương cung Thánh đường. Năm 1907, mở rộng ranh giới giáo phận Tây Đàng Trong đến tỉnh Bình Thuận (Phan Thiết) và Di Linh, Đà Lạt (trước đây vùng này thuộc giáo phận Đông Đàng Trong), do Đức cha L. Emile Mossard Mão coi sóc (1899-1920). Thời gian này, di dân từ các nơi đổ về các vùng đất đỏ trong các đồn điền cao su của người Pháp, Đức cha đã thành lập nhiều xứ đạo mới tại các nơi này.
Ngày 3-12-1924, giáo phận tông toà Tây Đàng Trong được đổi tên thành giáo phận tông toà Sài Gòn, tên gọi theo địa bàn hành chính nơi đặt toà giám mục, Đức cha Isidore Marie Dumortier Đượm (MEP) coi sóc.
Ngày 8-1-1938, với Sắc chỉ In Remotas Orbisregiones, Toà Thánh tách một phần đất thuộc giáo phận Sài Gòn để lập giáo phận Vĩnh Long gồm tỉnh Vĩnh Long, Bến Tre, Trà Vinh, Sa Đéc và một phần của tỉnh Cần Thơ (trước đây thuộc Sài Gòn). Khi phân chia, giáo phận Sài Gòn có: 80 linh mục triều, 27 thừa sai, 12 linh mục dòng, 82.375 giáo dân chia làm 13 hạt, 58 giáo xứ và 152 họ lẻ. Đức cha Jean Cassaigne Sanh cai quản giáo phận trong tình hình bất ổn với cuộc đại chiến thế giới lần II (1939-1945), cuộc chiếm đóng của quân đội Nhật và cuộc đảo chính của Việt Minh. Ngài đã phải chịu nhiều gian nan, vất vả. Ngài đã tiếp đón gần 1 triệu người di cư từ miền Bắc vào (1954), trong đó có rất nhiều giáo dân. Chính điều này đã làm cho Sài Gòn trở thành trung tâm của Công giáo Việt Nam. Đến năm 1955, Đức cha xin từ chức để trở về sống với anh em phong tại trại cùi Di Linh. Toà Thánh trao giáo phận Sài Gòn cho Đức cha Simon Hoà Nguyễn Văn Hiền cai quản. Đức cha Hiền đã tiếp đón và giúp di dân định cư tại các miền Hố Nai, Biên Hoà…, ngài cũng xây dựng nhiều cơ sở như: viện Đại học Đà Lạt, Giáo hoàng Học viện Piô X, biệt thự Thánh Tâm. Ngài cũng đã tổ chức Đại hội Thánh Mẫu Toàn quốc tại Sài Gòn năm 1959, với sự chủ toạ của Đặc sứ Toà Thánh là Hồng y Agagianian.
Ngày 24-11-1960, qua Tông hiến Venerabilium Nostrorum, Đức Gioan XXIII thiết lập Hàng Giáo phẩm Việt Nam với 3 giáo tỉnh: Hà Nội, Huế và Sài Gòn. Giáo phận Sài Gòn được nâng lên hàng tổng giáo phận gồm: Sài Gòn, Vĩnh Long, Cần Thơ, Đà Lạt, Mỹ Tho, Long Xuyên. Đức cha Phaolô Nguyễn Văn Bình làm tổng giám mục Sài Gòn, ngài nhận giáo phận ngày 2-4-1961 và Đức cha Hiền được thuyên chuyển về làm giám mục chính toà giáo phận Đà Lạt.
Năm 1963, giáo phận Sài Gòn có gần 567.455 giáo dân với 583 linh mục triều, 25 linh mục dòng, 503 nam tu, 1.936 nữ tu trong 263 giáo xứ (họ chính) và 284 giáo họ (họ lẻ). Về giáo dục, có: 56 trường trung học với 30.748 học sinh và 338 trường tiểu học với 91.870 học sinh, 28 bệnh viện với 4.874 giường bệnh, nổi tiếng là bệnh viện Saint Paul và bệnh viện Thánh Tâm Hố Nai, cùng với hơn 100 cơ sở bác ái khác như trại phong, viện dưỡng lão, cô nhi viện, trại câm điếc, quán cơm bình dân… Năm 1965, Toà Thánh tách từ giáo phận Sài Gòn lập hai giáo phận Phú Cường và Xuân Lộc. Đến năm 1975, từ giáo phận Sài Gòn, Toà Thánh thành lập thêm giáo phận Phan Thiết thuộc Tổng giáo phận Sài Gòn.
Năm 1974, giáo phận Sài Gòn gồm 516.000 giáo dân, 416 linh mục triều, 125 linh mục dòng, 2.450 tu sĩ nam nữ. Vào năm 1975, một số linh mục và tín hữu đã ra nước ngoài định cư nhưng giáo phận vẫn tiếp tục phát triển.
Cũng trong thời gian này, Toà Thánh cử Đức cha Phanxicô Xaviê Nguyễn Văn Thuận, giám mục Nha Trang, làm Tổng giám mục phó giáo phận Sài Gòn. Ngày 15-8-1975, Đức cha Thuận được chính quyền đưa trở về Nha Trang và bị quản thúc tại Cây Vông, sau đó đưa ra Hà Nội. Năm 1994, Đức cha được đưa sang Roma và phục vụ trong giáo triều Roma, với chức vụ Phó Chủ tịch Hội đồng Công lý và Hoà bình (24-11-1994) và 24-6-1998, lên làm Chủ tịch Hội đồng. Ngày 21-2-2001, Đức Gioan Phaolô II cất nhắc ngài lên hồng y.
Ngày 2-2-1978, Đức cha Aloisiô Phạm Văn Nẫm được tấn phong làm giám mục phụ tá giáo phận TP. Hồ Chí Minh. Năm 1999, ngài nghỉ hưu và qua đời ngày 30-6-2001, tại TP. HCM.
Đức Tổng giám mục Phaolô Nguyễn Văn Bình là người rất ôn hoà, ngài đã sáng suốt dẫn dắt cộng đoàn dân Chúa bước đi trong một giai đoạn đầy phức tạp của xã hội. Ngài đặc biệt lưu tâm đến những người nghèo khổ, bất hạnh. Năm 1965, Đức Tổng đã giúp thành lập làng cùi Thanh Bình ở bán đảo Thủ Thiêm. Tháng 8-1993, Đức Tổng ngã bệnh nặng, Toà Thánh cử Đức cha Nicôla Huỳnh Văn Nghi làm giám quản giáo phận. Sau khi hồi phục một phần sức khoẻ, Đức Tổng Phaolô đã bàn giao mọi việc điều hành giáo phận cho Đức cha Nicôla, nhưng vẫn giữ quyền tổng giám mục. Ngày 1-7-1995, Đức Tổng Phaolô từ trần, Đức cha Nicolas vẫn tiếp tục giữ chức giám quản tổng giáo phận, tuy nhiên ngài đã không được chính quyền chấp thuận. Vì thế, ngày 10-3-1998, Toà Thánh đặt Đức cha Gioan Baotixita Phạm Minh Mẫn, giám mục phó giáo phận Mỹ Tho, làm Tổng giám mục giáo phận TP. Hồ Chí Minh và ngài về nhận toà ngày 2-4-1998. Ngày 28-9-2003, ĐTC Gioan Phaolô II đã đặt ngài làm Hồng y và ngày 21-10 ngài nhận mũ đỏ Hồng y tại Roma.
Ngày 14-7-2001, ĐTC Gioan Phaolô II bổ nhiệm Linh mục Giuse Vũ Duy Thống làm Giám mục Phụ tá Tổng Giáo phận TP. HCM.
Ngày 15-10-2008, ĐTC Beneđictô XVI bổ nhiệm Lm. Phêrô Nguyễn Văn Khảm làm Giám mục Phục tá Tổng Giáo phận TP. HCM.