Sau khi Lê Lợi chiến thắng quân Minh, triều đại Lê kéo dài hơn 350 năm (1428-1788) có lúc thịnh, lúc suy và đầy biến động. Trong thế kỷ XV, xã hội Việt Nam ổn định, nông nghiệp được phục hồi và phát triển, Nho giáo trở thành hệ tư tưởng chính thống và Phật giáo trở thành tôn giáo của dân gian. Sang thế kỷ XVI, nhà Lê suy yếu với các ông vua ham mê tửu sắc, triều đình thiếu người tài trí, xã hội bắt đầu hỗn loạn. Năm 1527, Mạc Đăng Dung lật đổ vua Lê lập ra triều Mạc ở Thăng Long, Hà Nội. Họ Trịnh từ vùng Thanh Hoá, với danh nghĩa phò Lê, gây chiến với họ Mạc và năm 1592, chiếm được Thăng Long, đưa vua Lê trở lại ngai vàng nhưng nắm giữ mọi quyền hành. Nhà Mạc rút lên cố thủ ở Cao Bằng. Chiến tranh Trịnh – Mạc chưa chấm dứt thì các chúa Nguyễn lại nổi lên ở phía Nam sông Gianh (Quảng Bình). Các cuộc chiến tranh liên miên giữa hai nhà Trịnh – Nguyễn kéo dài từ 1662 đến 1772 đã làm cho dân chúng vô cùng khốn khổ, sinh mạng con người bị coi thường, người dân kiệt quệ vì sưu cao thuế nặng để chi phí cho súng đạn, vũ khí. Trong bối cảnh đó, đạo “Thiên Chúa” (Kitô giáo) được các thừa sai nước ngoài giới thiệu cho người dân Việt.
Giai đoạn dò dẫm đầu tiên
Từ cuối thế kỷ XVI, nhất là từ thế kỷ XVII, quan hệ ngoại thương của nước ta với các nước phương Tây như Bồ Đào Nha, Anh, Pháp và cả Nhật Bản ở phương Đông phát triển. Các chúa Trịnh, Nguyễn muốn giao hảo với người nước ngoài để bán hàng hoá trong nước và nhất là để mua được nhiều súng đạn, tàu chiến. Trong khi đó, Giáo Hội Công giáo toàn cầu lại phát động công cuộc truyền giáo và gửi các nhà thừa sai đi khắp nơi, nhất là đến Ấn Độ và Trung Quốc như Thánh Phanxicô Xaviê (1541), cha Matteo Ricci. Nhiều vị thừa sai đi theo các đoàn tàu buôn đến truyền giáo tại các miền Á Châu và Viễn Đông, trong đó có Việt Nam. Tuy nhiên, tất cả chỉ là những bước dò dẫm sơ khởi và không đạt được kết quả đáng kể.
Trong bộ Khâm Định Việt Sử Thông Giám Cương Mục được soạn thảo dưới triều vua Tự Đức từ năm 1856, quyển 33, phần chính biên, tờ 5-6, khi nói đến chỉ dụ cấm đạo Thiên Chúa (hay đạo Giatô, phiên âm từ Giêsu của chữ Hán), vào năm 1663 dưới triều vua Lê Huyền Tông, đã chú thích như sau: “Gia-tô, dã lục, Lê Trang Tông, Nguyên Hoà nguyên niên, tam nguyệt nhật, Dương nhân I-nê-khu tiềm lai Nam Chân chi Ninh Cường, Quần Anh, Giao Thuỷ chi Trà Lũ âm dĩ Gia-tô tả đạo truyền giáo”. Dịch nghĩa: “Đạo Gia-tô, theo bút ký của tư nhân, tháng 3 năm Nguyên Hoà thứ nhất (1533) đời Lê Trang Tông, có người Tây dương tên I-Nê-Khu, lén đến truyền đạo Gia-tô ở làng Ninh Cường và Quần Anh, huyện Nam Chân và làng Trà Lũ, huyện Giao Thuỷ” (thuộc tỉnh Nam Định, giáo phận Bùi Chu hiện nay. Vì thế, nhiều nhà sử học Công giáo Việt Nam đã chọn năm 1533 như khởi đầu cho đạo tại Việt Nam.
Năm 1550, linh mục Gaspar da Santa Cruz, O.P., đến giảng đạo tại Hà Tiên. Năm 1558, đời vua Lê Thế Tông, hai giáo sĩ Bồ Đào Nha là Alonso da Costa và Gonsalves đến giảng đạo ở vùng Vạn Lại, thủ đô của Nam Triều. Tiếp theo là các linh mục dòng Đa Minh người Bồ Đào Nha khác như: Luís da Fonseca, Grégoire de la Motte đến truyền giáo ở Đàng Trong (1580) và bị vua Chiêm Thành hãm hại tại Quảng Nam. Năm 1583, các linh mục dòng Đa Minh từ Philippines đã đến truyền giáo như Diego Doropesa, Bartolomeo Ruiz, Pedro Ortiz, Francisco de Montilla tại An Quảng (Quảng Yên), Đàng Ngoài. Năm 1591 tại Thanh Hoá, linh mục Pedro Ordođez de Cevallos, người Tây Ban Nha, bị bão, đã đến An Trường, kinh đô nhà Lê lúc bấy giờ và rửa tội cho công chúa Mai Hoa (Maria Flora) cùng khoảng 100 người khác. Công chúa là chị của vua Lê Thế Tông. Hiện nay, ở làng Vạn Lại vẫn còn nền nhà thờ và giếng Giatô của công chúa (x. C. A. Poncet, La Princesse Marie, trong Bulletin des Amis du Vieux Hué, tháng 12-1941, tr. 351-358, Lê Triều Thượng Cổ truyền giáo, tr. 111).
Giai đoạn mở đạo chính thức
Tuy nhiên, những cố gắng của các nhà truyền giáo trên mới chỉ là những bước chân dọ dẫm chuẩn bị cho giai đoạn khai phá chính thức. Giai đoạn này kéo dài từ năm 1615-1665 với các vị thừa sai dòng Tên, ở cả hai miền Nam Bắc, lấy sông Gianh làm ranh giới. Phía Nam gọi là Đàng Trong, do các chúa Nguyễn cai quản. Phía Bắc gọi là Đàng Ngoài do vua Lê, chúa Trịnh nắm quyền. Nhờ kinh nghiệm hội nhập văn hoá của linh mục Matteo Ricci (1582) ở Trung Quốc và Valignano ở Nhật Bản, các thừa sai quan tâm đến việc học ngôn ngữ, phong tục dân Việt và giảng đạo bằng tiếng Việt.
Công cuộc truyền giáo ở Đàng Trong bắt đầu năm 1615 với linh mục (lm.) Francesco Buzomi, lm. Diego Carvalho và các trợ sĩ ở Cửa Hàn, Đà Nẵng. Tiếp theo là các lm. Francisco de Pina, Cristoforo Borri, nhất là Alexandre de Rhodes (Đắc Lộ).
Ở Đàng Ngoài, chúa Trịnh Tráng đón tiếp giáo sĩ Giuliano Baldinotti, người Ý, nhưng việc truyền giảng Tin Mừng chỉ đạt được nhiều kết quả tốt đẹp sau khi hai cha Pedro Marques (Bồ Đào Nha) và Đắc Lộ (người Pháp) cập bến Cửa Bạng, Thanh Hoá, ngày 19-3-1627. Các thừa sai biên soạn giáo lý, sáng tác kinh nguyện thơ văn bằng chữ Nôm, chữ Quốc ngữ với sự trợ giúp của các thầy giảng có học thức như cụ Gioakim, sư cụ chùa Phao, sư cụ Manuel, cụ Nghè Giuse… Đáng kể nhất là các thừa sai Gaspar d’Amaral, António Barbosa, Girolamo Majorica (người Ý), đặc biệt là cha Đắc Lộ với tác phẩm chữ Quốc ngữ đầu tiên ấn hành ở Roma năm 1651: Phép Giảng Tám Ngày và Từ điển Việt-Bồ-La.
Trong giai đoạn này, chúng ta lưu ý đến sự phát triển của cả chữ Nôm và chữ Quốc ngữ. Kho tàng văn chương Hán Nôm Công giáo rất lớn. Chỉ riêng giáo sĩ Girolamo Majorica, trong khoảng 1632-1656, đã viết 45 tác phẩm lớn nhỏ bằng chữ Nôm, nổi tiếng nhất là cuốn Các Thánh Truyện viết năm 1646. Nhiều tác phẩm bị hư hỏng và mất mát do thời gian, chiến tranh và bách hại tôn giáo. Hiện nay chỉ còn lại 15 cuốn, gồm 4.200 trang lưu trữ ở Thư viện Quốc gia Paris. Mỗi trang có từ 9 đến 12 dòng, mỗi dòng trung bình có 30-34 chữ Nôm, tổng cộng là 1.400.000 chữ (x. Lm. Nguyễn Hưng, Sơ thảo Thư mục Hán Nôm Công giáo Việt Nam, lưu hành nội bộ, 2000, tr. 23).
Còn chữ Quốc ngữ chúng ta đang dùng là chữ viết ghi âm tiếng Việt bằng chữ cái La Tinh. Đây là thứ chữ được các linh mục dòng Tên gốc Bồ Đào Nha như João Ruis, Gaspar Luis, Cristoforo Borri, Gaspar d’ Amaral, Alexandre de Rhodes với sự cộng tác âm thầm của nhiều người Việt như Igesico Văn Tín, Bento Thiện, đã sáng tạo ra trong những năm 1620-1659 (x. Đỗ Quang Chính, Lịch Sử Chữ Quốc Ngữ, 1620-1659, Tủ sách Ra Khơi, Sài Gòn, 1972).
Nhờ các “Thầy Giảng” và “Câu Trùm” là những tông đồ giáo dân nhiệt thành, việc truyền giáo đã đạt được những kết quả ngoài sức tưởng tượng. Sau 37 năm truyền giáo ở Đàng Ngoài (25 linh mục và 5 trợ sĩ) và 50 năm truyền giáo ở Đàng Trong (39 linh mục và 1 trợ sĩ), các thừa sai dòng Tên đã rửa tội khoảng 100.000 tín hữu (20.000 ở Đàng Trong và 80.000 ở Đàng Ngoài; x. Công giáo Việt Nam sau quá trình 50 năm, 1945–1995, Công giáo và Dân Tộc XB, 1996, tr. 86). Việc rao giảng Tin Mừng được vua chúa Việt Nam quy định rõ ràng trong một số nơi chốn với nhiều hạn chế của các quan lại địa phương, nên các tín hữu gặp nhiều khó khăn trong việc giữ đạo và có nơi đã phải đổ cả máu đào để làm chứng đức tin như thầy giảng Anrê Phú Yên ở Quảng Nam ngày 26-7-1644.