Khi một vị Giáo hoàng qua đời hoặc từ nhiệm, việc điều hành Giáo Hội được trao cho Hồng y đoàn. Các hồng y là những giám mục đang coi sóc các giáo phận trên khắp thế giới, hoặc đang làm việc tại Vatican, là những vị được đích thân Đức Giáo hoàng tuyển chọn. Trách nhiệm lớn nhất của các ngài là bầu chọn vị Giáo hoàng mới.

Trong giai đoạn “trống toà”, các hồng y tiến hành nhiều cuộc họp tại Vatican, được gọi là họp khoáng đại. Các ngài bàn luận về những nhu cầu và thách đố Giáo Hội đang phải đối diện. Các ngài cũng chuẩn bị cho việc bầu Giáo hoàng mới, được gọi là Mật tuyển viện. Những quyết định chỉ dành riêng cho Đức Giáo hoàng, ví dụ bổ nhiệm giám mục hay triệu tập Thượng Hội đồng Giám mục, những việc này phải đợi đến khi bầu cử xong.

Nhớ lại Mật tuyển viện năm 2005, Đức Hồng y Joseph Ratzinger (vị giáo hoàng tương lai) đã chia sẻ với các hồng y những suy tư gây ấn tượng sâu đậm. Ngài nói:

“Biết bao nhiêu ngọn gió học thuyết đã xuất hiện trong những thập niên gần đây, biết bao dòng ý thức hệ, biết bao hình thái tư tưởng… Con thuyền bé nhỏ của nhiều Kitô hữu thường xuyên bị lay động vì những ngọn sóng này, lắc lư từ thái cực này sang thái cực khác, từ chủ nghĩa Mác-xít đến chủ thuyết tự do, từ chủ trương tập thể đến chủ nghĩa cá nhân cực đoan, từ vô thần đến thứ huyền bí mơ hồ, từ bất khả tri đến chiết trung và còn nhiều thứ khác. Những giáo phái mới mọc lên từng ngày… Tuyên xưng đức tin rõ ràng theo như Kinh Tin Kính của Hội Thánh lại bị cho là bảo thủ cực đoan. Đang khi đó chủ nghĩa tương đối, nghĩa là cho phép người ta chiều theo bất cứ ngọn gió học thuyết nào, xem ra được coi như thái độ duy nhất thích hợp với con người hiện đại. Cái đang được kiến tạo ở đây chính là sự độc tài của chủ nghĩa tương đối, vốn cho rằng chẳng có gì là vững chắc, và xem cái tôi của mình, khao khát của mình, là chuẩn mực tối hậu.

Tuy nhiên chúng ta có một chuẩn mực khác, đó là Con Thiên Chúa và là con người thật sự. Người là chuẩn mực của nền nhân bản chân chính. Một đức tin không trưởng thành sẽ mãi chạy theo những làn sóng thời trang mới mẻ, còn đức tin trưởng thành và chín chắn được bắt rễ sâu xa trong tình thân với Chúa Kitô. Chính tình thân này mở ra cho chúng ta tất cả những gì là tốt lành, ban cho chúng ta tiêu chuẩn để phân định cái thật với cái giả, chân lý và giả dối. Chúng ta phải chín muồi trong đức tin trưởng thành này, và chúng ta muốn dẫn đoàn chiên của Chúa Kitô đến đức tin trưởng thành ấy. Chính đức tin ấy - và chỉ có đức tin ấy - mới tạo nên sự hiệp nhất và thực hiện sự hiệp nhất trong đức ái. Ở đây, thánh Phaolô cống hiến cho chúng ta một từ ngữ rất đẹp: sống chân lý trong đức ái, như là công thức nền tảng của đời sống Kitô giáo. Trong Chúa Kitô, chân lý và tình yêu hội tụ. Chúng ta càng đến gần Chúa Kitô bao nhiêu thì chân lý và tình yêu càng vững chắc nơi chúng ta bấy nhiêu. Tình yêu không có chân lý là thứ tình yêu mù quáng; chân lý không có tình yêu chỉ là thanh la chũm choẹ!”

Rồi ngài nói thêm:

“Ai cũng muốn kiếm tìm những gì bền vững. Nhưng cái gì tồn tại mãi? Không phải tiền bạc. Những dinh thự cũng chẳng tồn tại mãi, sách vở cũng thế. Sau một thời gian nào đó, lâu hay chóng, mọi thứ đều tan biến. Điều duy nhất tồn tại đến vĩnh hằng là linh hồn của con người được Thiên Chúa tạo dựng để sống vĩnh hằng. Do đó hoa trái tồn tại mãi mà chúng ta phải gieo trồng nơi linh hồn con người là tình yêu và sự hiểu biết, là những cử chỉ chạm đến lòng người, là những lời lẽ mở lòng người ra với niềm vui của Thiên Chúa. Vì thế chúng ta hãy cầu xin Chúa để Ngài giúp chúng ta trổ sinh hoa trái, thứ hoa trái tồn tại mãi. Chỉ bằng cách đó, trái đất này mới được biến đổi từ thung lũng nước mắt thành địa đàng của Thiên Chúa”.

Thông thường, sau 15 - 20 ngày kể từ khi trống tòa, các hồng y quy tụ tại Đền thờ Thánh Phêrô để dâng Thánh lễ, xin ơn Chúa Thánh Thần hướng dẫn cho việc bầu chọn vị giáo hoàng mới. Chỉ có các hồng y dưới 80 tuổi mới được bỏ phiếu trong Mật tuyển viện. Con số các vị này được giới hạn ở 120. Mật tuyển viện bắt đầu khi các hồng y được rước vào Nhà nguyện Sistine và có lời thề giữ bí mật tuyệt đối trước khi cửa Nhà nguyện được niêm phong. Các hồng y sẽ đọc chung lời thề sau:

“Chúng tôi, các hồng y cử tri, tập thể và cá nhân, hiện diện trong lần bầu chọn Giáo hoàng này, xin đoan thề và tuyên hứa tuân giữ cách trung thành và tỉ mỉ những điều khoản trong Tông thư Universi Dominici Gregis.

Chúng tôi đoan thề và tuyên hứa rằng bất cứ ai trong chúng tôi, theo sự an bài của Chúa, được bầu làm Giáo hoàng, sẽ trung thành đảm nhận sứ vụ Thánh Phêrô, làm Mục tử của Hội Thánh phổ quát, và kiên vững khẳng định, bảo vệ những quyền và tự do về mặt thiêng liêng cũng như trần thế của Toà Thánh.

Trên hết mọi sự, chúng tôi đoan thề và tuyên hứa sẽ giữ tuyệt đối bí mật về tất cả những gì liên quan đến việc bầu giáo hoàng, cũng như những gì diễn ra tại nơi bầu chọn, trực tiếp hay gián tiếp liên quan đến kết quả bỏ phiếu; chúng tôi hứa sẽ không tiết lộ bí mật này bằng bất cứ cách nào, trong hoặc sau khi bầu vị giáo hoàng mới, trừ khi được Đức giáo hoàng minh nhiên cho phép; chúng tôi hứa không bao giờ hỗ trợ cho bất cứ hình thức can thiệp hoặc chống đối nào, qua đó các quyền bính thế tục hoặc các nhóm hoặc những cá nhân có thể can thiệp vào việc bầu giáo hoàng”.

Tiếp theo lời thề chung, từng hồng y sẽ tiến đến trước Sách Phúc Âm, được đặt giữa Nhà nguyện, và nói thêm:

“Và tôi, hồng y… xin đoan thề và tuyên hứa như thế, xin giúp con, lạy Chúa và Sách Phúc Âm mà con chạm tay tới”.

Các hồng y bỏ phiếu kín, từng người một tiến đến trước bức danh họa của Michelangelo về Ngày Phán Xét, dâng lời cầu nguyện và bỏ lá phiếu của mình. Mỗi ngày có 4 lần bỏ phiếu, cho đến khi một ứng viên nhận được 2/3 số phiếu bầu. Kết quả của mỗi vòng bỏ phiếu được xướng lên và được 3 hồng y ghi nhận. Nếu không có vị nào đạt được 2/3 số phiếu bầu, thì những phiếu này được đem đốt, trộn với hóa chất, tạo nên khói đen. Mọi người bên ngoài nhìn vào luồng khói đen thì biết là chưa có kết quả.

Khi một ứng viên nhận được 2/3 phiếu bầu, hồng y niên trưởng của Hồng y đoàn sẽ hỏi xem ngài có chấp nhận hay không. Nếu ngài chấp nhận, ngài sẽ chọn tước hiệu và mặc phẩm phục giáo hoàng trước khi tiến ra bao lơn trước Đền thờ Thánh Phêrô. Những phiếu bầu trong vòng cuối cùng được trộn với hóa chất để cho khói trắng, báo hiệu cho cả thế giới biết việc bầu giáo hoàng mới đã hoàn tất.

Vị hồng y niên trưởng trong số các hồng y phó tế, hiện nay là Hồng y Jean-Louis Tauran (người Pháp), sẽ loan báo từ bao lơn của Đền Thánh Phêrô: “Habemus papam” (Chúng ta có giáo hoàng). Sau đó, Đức Tân Giáo hoàng tiến ra và ban phép lành cho thành Rôma và toàn thế giới (urbi et orbi).