Gioan de Yepes sinh tại Phontiveros, gần Avila. Tây Ban Nha ngày 24-6-1542. Cha ngài làm thợ dệt, bị gia đình giàu có làm nghề buôn bán loại trừ vì đã cưới một người vợ kém hơn. Mẹ ngài là một người đàn bà thánh thiện, trở thành goá phụ sau khi sinh Gioan. Không nguồn lợi, với 3 đứa con, bà đã làm thuê cho một thợ dệt. Bé Gioan dần dần đã học nghề thợ mộc, may vá, điêu khắc, hội hoạ trong tình yêu mến Chúa Giêsu Kitô.

Trong mọi việc, ngài có thói quen tự hỏi: “Vào trường hợp tôi, Chúa Giêsu sẽ làm gì?”

Ngài không trốn tránh một hy sinh nào. Lúc 12 tuổi, Gioan được học đọc, học viết với các nữ tu ở Medina del Campo. Đức bác ái của ngài bao la: tư hồi còn niên thiếu, ngài đã dùng giờ rảnh để phục vụ các bệnh nhân ở nhà thương, dầu vẫn theo học văm phạm và triết học nơi các cha dòng Tên.

Năm1563, Gioan gia nhập dòng Carmêlô và năm sau được gửi học tại Đại học Salamanca. Năm 1567, ngài thụ phong linh mục ở Medina và đã gặp thánh nữ Avila. Thánh nữ đã khuyên ngài thực hiện việc cải tổ dòng Camêlô như thánh nữ đang làm. Thánh nữ nói với ngài: “Đây là công trình đòi hy sinh và máu. Tôi không biết cha sẽ phải chịu khổ tới đâu nhưng chắc chắn cha phải chịu khổ”.

Gioan trở thành người con thiêng liêng của người nữ tu Carmêlô này. Cha 25 tuổi và chị 52 tuổi. Chị gửi cha đến với hai người bạn ở Duruelô trong cảnh cô tịch và đây là nguồn gốc của dòng Carmêlô canh tân đi chân không, ngài lấy tên là Gioan Thánh Giá. Sự nghèo túng thật khủng khiếp, ngài chỉ sống bằng cỏ, nhưng vẫn dùng những khúc ca tạ ơn Chúa vì đã chỉ cho biết phải sống và cư xử cách nào. Ngài hành động cách khác thường trên những người chung quanh, giải thoát họ khỏi những việc hư hỏng, tạo cho họ một lòng yêu thích hy sinh.

Sau khi chống lại đoàn thể các tu sĩ Carmêlô ở Alcala de Hélenrés, Ngài trở thành tuyên uý của tu viện Avila trong 5 năm, thánh nữ Têrêxa giới thiệu với con cái mình: “Cha là vị thánh”.

Sự thánh thiện của Gioan vượt quá nhiều người và trở nên khó hiểu, sự canh tân khiến ngài bị tố cáo là nổi loạn. Các thầy dòng Carmêlô chước giảm chống lại các thầy dòng Carmêlô đi chân không. Cuối cùng, sau những nhục mạ dữ dội, ngài bị cầm tù ở Tolêđô. Người ta đối xử cứng rắn với ngài, 3 lần mỗi tuần họ đưa ngài tới nhà cơm và đánh đập không nương tay. Nhưng ngài cảm thấy đang đi đúng đường Chúa muốn và tạ ơn Chúa vì đã chịu được hạ nhục và chịu khổ cực. Những bắt bớ tăng thêm đức tin và lý tưởng của ngài. Đáp lại, ngài yêu mến nhiều hơn và trong hầm tối thiếu khí trời, ngài trước tác những vần thơ bí nhiệm làm thành cuốn “Thánh ca thiêng liêng” (cantiques spirituelles).

Được 9 tháng, thánh nhân vượt ngục. Trước khi đến tu viện định tới, ngài dừng lại trong một dòng nữ. Ngài nghe một nữ tu ca hát về “hạnh phúc của đau khổ” và bỗng ngài phải bám chặt vào cửa sắt nhà khách. Ngài đã xuất thần. Ý tưởng được chịu khổ vì Chúa đã làm cho ngài cả thấy dư tràn hạnh phúc. Phép lạ này trong tâm hồn, như muốn lôi kéo cả thân xác đổi mới theo... thánh Têrêxa nói: “Không có cách gì để nói về Thiên Chúa với cha Gioan Thánh Giá. Ngài xuất thần ngay và lôi kéo người khác theo”.

Một ngày kia quỳ bên song sắt, thánh nữ nghe cha nói về Chúa Ba Ngôi, thì thánh linh như muốn nâng ngài lên. Khiêm tốn, ngài nắm lấy tay vào thành ghế. Nhưng hoạt động thần linh đã nâng ngài lên tới trần nhà. Têrêxa ở trước mặt ngài cũng xuất thần và bay bổng. Một nữ tu tiến vào, cảm kích và cảnh tượng vội đi gọi các nữ tu khác đến chiêm ngưỡng cả hai vị thánh được Chúa chúc phúc.

Đức Thánh Cha và vua Philipphe II ủng hộ những cuộc cải cách và bây giờ Gioan phải nhận nhiều trọng trách. Ngài làm bề trên dòng Calvariô. Ngài lập cộng đoàn Carmêlô Baeza và 3 năm sau được chọn làm tu viện trưởng ở Grenade. Đi đường qua các thành Tây Ban Nha, ngài chinh phục các linh hồn về cho Chúa Kitô, chính ngài đã xây dựng một thuỷ lộ, một tu viện. Trong 15 ngày, ngài đã viết cuốn “Ngọn lửa tình yêu sống động” (La vive flamme d'amour). Cuối cùng ngài trở thành Tổng Đại diện Andalousia.

Sự trong trắng của thánh nhân đã tạo cho ngài một quyền năng trên quỷ thần. Ngài đã giải thoát nhiều bị quỷ ám. Người ta nói rằng, bằng những dấu thánh giá ngài dẹp tan cơn bão, bằng lời nguyện, ngài dập tắt một hoả hoạn. Các thú vật quý mến ngài. Để giữ mình trong sạch, thánh nhân tự nhận lấy đau khổ nhưng lại rất thương cảm những đau khổ của người khác, ngài còn tế nhị hơn nữa đối với những đau khổ tinh thần mà ngài gọi là “đêm tối của tâm hồn”. Nhưng ngài hiểu rằng, những đau khổ này thanh tẩy tâm hồn rất nhiều. Không kết hợp với Chúa được nếu không có khổ hạnh trong tâm hồn.

Thường nhà dòng nghèo khó đến độ có ngày không có bánh ăn. Tập họp ở nhà ăn, thánh nhân nói với các tu sĩ về hạnh phúc được chịu khổ vì Chúa Giêsu Kitô. Họ khóc vì nhiệt tâm và lui ra. Bỗng chuông reo, một người vô danh đã đem bánh cho nhà dòng. Các tu sĩ trở lại phòng ăn. Lần này, thánh nhân khóc và nói: “Ôi, vậy là Chúa đã thấy sự yếu đuối của chúng con không chịu thử thách được lâu. Ngài đã sớm thương hại chúng ta”.

Lần kia, ngài đã trả lời Chúa Giêsu khi ngài hỏi về phần thưởng ngài muốn rằng: “Lạy Chúa, xin cho con được chịu khổ và bị khinh miệt vì Chúa”.

Và Ngài đã xin 3 ơn này là: đừng có ngày nào mà không được chịu đau khổ, đừng là bề trên vào lúc chết và được chết trong khiêm hạ. Thiên Chúa đã nhận lời Ngài.

Những tháng bị giam cầm, với bao đau khổ dữ dằn người ta đối xử, đã huỷ hoại thân thể ngài. Mệt nhọc vì du hành tới Andalousia, làm thánh nhân bị thiêu đốt ở chân, các vết thương mở rộng. Ngài chịu đau đớn kinh khủng đến nỗi lần kia ngài nói với người đối thoại:

- Xin lỗi, tôi không trả lời nổi. Tôi bị đay nghiến và đau nhức.

Thánh nhân được chọn một trong hai nơi để chữa bệnh, hoặc ở Baeza, nơi người ta quý mến, hoặc ở Ubeda, nơi tu viện trưởng có ác cảm với ngài. Ngài đã chọn tu viện Ubeda. Những cư xử nghiêm nhặt làm cho ngài đau đớn thêm. Nhưng ngài càng ôm chặt Thánh Giá vào lòng. Vị tu viện trưởng cảm động vì sự dịu dàng không mệt mỏi, vì lòng bác ái sâu xa của bệnh nhân, cuối cùng đã hiểu và xin ngài tha thứ.

Gioan báo trước mình sẽ chết đêm 14-12 (năm 1591). Các tu sĩ đọc kinh phó linh hồn, ngài xin đọc sách Diễn tình ca. Các cơn đau không ngừng gia tăng khi chuông reo giờ kinh sáng, ngài cầm thánh giá nói: “Lạy Chúa, con phó linh hồn trong tay Chúa”.

Ngài còn nhìn các tu sĩ, hôn Chúa Kitô và tắt thở. Ngài đã viết: “Vào xế chiều cuộc sống này, bạn được phán xét về tình yêu”.

Gioan Thánh Giá để lại nhiều sách luôn được suy gẫm như: Đường lên Carmêlô, Đêm tối tâm hồn, Ngọn lửa tình yêu sống động, Thánh ca thiêng liêng. Ngài được phong thánh năm 1726. Và Đức Piô XI đã đăt ngài làm Tiến sĩ Hội Thánh năm 1962.