Gioan sinh ngày 8-3-1495 tại Bồ Đào Nha. Cha mẹ ngài là những người nghèo khổ nhưng đạo đức và đầy lòng bác ái. Lúc 9 tuổi, ngài bỏ nhà trốn đi, theo một nhà mạo hiểm đã khéo kích thích trí tưởng tượng của tuổi thơ. Mẹ ngài đã qua đời sau 3 tuần đau khổ vì không biết số phận của con trẻ ra sao. Còn cậu bé bi bỏ rơi, thiếu thốn mọi sự nên đành ở đợ nuôi thân.

Ngài giúp việc cho một nhà tiểu nông, hằng ngày lo đi chăn chiên, cho đến khoảng 20 tuổi. Chán với cuộc sống đơn điệu, ngài đăng lính đi chiến đấu ở Phontarabia. Thật bất hạnh khi kiếp sống suy đồi của các bạn đồng ngũ đã lôi kéo ngài tới chỗ mất cả lòng kính sợ Chúa. Nhưng Chúa đã không bỏ rơi kẻ ngài đã chọn. Ngày kia, khi đem thức ăn cho súc vật, Gioan bị ngã ngựa và bị trọng thương không còn cử động và nói năng gì được nữa. Nhận biết được mối nguy đang đe doạ thân xác và tâm hồn, thánh nhân khấn cầu Đức Trinh Nữ và hứa sẽ sửa mình. Nhưng khi vừa hết bệnh, ngài lại trở về đường cũ.

Chúa quan phòng vẫn tiếp tục thể hiện tình thương bằng một hình phạt khác. Vị chỉ huy trao cho Gioan canh giữ chiến lợi phẩm. Nhưng vì bất cẩn sao đó mà chiến lợi phẩm biến mất. Gioan bị án xử giảo, bất kể mọi phân bua kêu khóc. Đến giờ hành hình, may có một cấp chỉ huy cao hơn can thiệp ngài mới được tha với điều kiện là bị giáng cấp. Bất mãn, Gioan trở về chủ cũ và được tiếp đón niềm nở. Gia chủ còn đề nghị gả con cho ngài nữa, nhưng ngài đã từ chối và chỉ sống như một kẻ chăn chiên.

Mười năm sau Gioan lại đăng lính làm pháo thủ trong cuộc viễn chinh đánh phá Thổ Nhĩ Kỳ. Chiến tranh kết thúc, binh đội Tây Ban Nha được giải ngũ. Gioan muốn trở về quê nhà, nhưng người cậu cho biết mẹ ngài đã qua đời 3 tuần sau ngày ngài bỏ nhà ra đi, cha ngài cũng mới qua đời tại một tu viện Thánh Phanxicô. Những lời tự trách xâu xé tấm lòng của đứa còn hoang đàng... Gioan quyết sửa những ngông cuồng của tuổi trẻ và muốn hiến thân phục vụ người nghèo khổ yếu đau.

Gioan quyết định đi Phi Châu để giúp đỡ các Kitô hữu bị bắt làm nô lệ, với hy vọng được chết vì đạo. Tới Gibraltar, ngài gặp một nhà quý tộc bị thất sủng và phải đi đày. Cùng ông đáp tàu tới Ceuta, ngài đã phải làm việc để kiếm tiền nuôi ông chủ chẳng may ngã bệnh và lâm cảnh cùng quẫn. Đồng thời ngài đã vào các nhà tù, an ủi các tù nhân và săn sóc họ. Vị lãnh Chúa qua đời. Gioan nhận lệnh của một tu sĩ Phanxicô truyền phải trở lại Tây Ban Nha là nơi Thiên Chúa đã cho ngài biết các ý định của ngài.

Gioan trở lại Gibraltar. Ngài xin trời cao soi sáng, và để nuôi thân, ngài đi bán rong giày dép và tranh ảnh, nhưng vẫn luôn lo cải hoá các tâm hồn.

Một ngày kia ngài gặp trên đường một đứa trẻ cùng khổ đáng thương với cặp giò trần trụi bị nứt nẻ vì sỏi đá. Ngài vác nó trên vai, dừng lại nghỉ, đám trẻ chỉ cho vị ân nhân một trái lựu (Grenade) có mọc cây thánh giá và nói: Hỡi Gioan Thiên Chúa, trái lựu (Grenade) sẽ là thánh giá của ông.

Rồi đứa trẻ biến mất. Gioan hiểu chính Chúa Giêsu là đứa trẻ ngài đã giúp đỡ. Bây giờ Gioan đi Grenada để sống đời bác ái và thống hối. Thánh giá đầu tiên của ngài là đã bị coi như một kẻ điên, phải chịu mọi thứ sỉ nhục và bị đối xử tàn tệ, ngài hành hương viếng Đức Bà Guadalupê, vừa bán củi khô để sinh sống. Cuối cuộc hành hương ngài thấy Đức Trinh Nữ cúi xuống và đặt hài nhi vào tay ngài với y phục để bao bọc cho ngài.

Như vậy, ơn gọi của ngài là giúp đỡ những người nghèo khổ của Chúa Giêsu Kitô. Khi qua Oropezo, Gioan đã chữa lành một phụ nữ nghèo. Trở lại Grenada với số tiền kiếm được và với những của trợ cấp, ngài thuê một căn nhà để quy tụ những người khốn khổ, cho các người yếu đau bệnh tật trú ngụ. Ban chiều, ngài vác giỏ đi ăn xin. Với hai cái xoong trên vai ngài la lớn: Ai muốn hành thiện, xin tiếp tay với tôi đây?

Ngài trở về nhà mang đầy những thực phẩm. Niềm vui cũng thật lớn lao khi ngài dẫn về nhà vài trú nhân mới, một đứa trẻ bi bỏ rơi. Ưu tư của ngài không ngừng lại nơi các thân thể bệnh tật. Ở đâu nghĩ là có linh hồn hư mất, ngài liền đến cải hoá. Ngài chỉ nghĩ tới việc cứu vớt họ.

Lần nọ ngài mang về một người hấp hối mình đầy thương tích. Khi lau rửa và cúi xuống hôn chân bệnh nhân, ngài thấy những lỗ đinh chói sáng. Và Chúa, vì chính Ngài, nói: Gioan đầy tớ trung tín của Cha, mọi việc thiện con làm cho những người nghèo khổ, là con làm cho chính Cha. Cha đếm từng bước chân con đi và cha sẽ ân thưởng cho con.

Bệnh viện tràn ngập ánh sáng khiến cho người ta ngỡ là một đám cháy.

Ngày kia có một đám cháy thật, ở bệnh viện Hoàng gia tại Grenada, Gioan lao vào ngọn lửa mang các bệnh nhân ra ngoài, rồi trở lại kéo các bệnh nhân khác. Thật là một phép lạ, khi ra khỏi lò lửa, ngài vẫn sống.

Trong một trận lụt, ngài cũng thực hiện những chuyện lạ lùng như vậy.

Giám mục truyền gọi Gioan Thiên Chúa đến, mặc cho ngài y phục và từ đó ngài và các môn sinh vẫn mặc. Khi đó Gioan Thiên Chúa đã thiết lập một hội dòng để giúp đỡ những người yếu đau bệnh tật. Dòng sẽ lan rộng trên khắp thế giới, ngài xây thêm một nhà thương mới. Để trả nợ, ngài phải đi quyên tiền ở Valladelid. Nhưng có quá nhiều người nghèo vây quanh đến nỗi không đã phân phát hết số tiền quyên được. Người bạn chỉ trích, ngài đáp lại: Này anh, người ta tặng ban cho ở đây hay ở Grenada, cũng luôn là vì Chúa, bởi vì Thiên Chúa ở khắp nơi và trong mọi người nghèo.

Gioan tận tuỵ với mọi người đau khổ không phân biệt. Ngài ngã bệnh khi Tổng Giám mục Grenada kêu tới. Ngài đi ngay và là để nghe trách cứ vì đã nhận cả những người cứng lòng. Thánh nhân trả lời: “Nếu con chỉ nhận những người công chính, bệnh xá của chúng con sẽ trống vắng ngay, và làm sao có thể lo lắng cho các tội nhân. Hơn nữa con nhận biết mình chưa làm tròn hết bổn phận, cũng như con hổ thẹn mà thú thực rằng trong nhà thương, Gioan Thiên Chúa là tội nhân duy nhất đã ăn của bố thí một cách vô ích”.

Nghe những lời này, vị giám mục cảm động đến rơi lệ và ca tụng Gioan. Ít lâu sau, ngài ban các bí tích cuối cùng cho thánh nhân. Sắp chết Gioan còn thực hiện một điều lạ lùng, ngài được biết một người thợ dệt sắp thắt cổ vì quá cực khổ, ngài liền vội vã ra đi, tới thẳng người xấu số sắp kết liễu cuộc đời và cứu ông ra khỏi cơn tuyệt vọng.

Vào giờ phút cuối cùng, thánh nhân thú nhận ba thứ lo lắng làm se thắt lòng ngài, là bất xứng với ơn phúc đã lãnh nhận, ưu tư cho những người nghèo mắc cỡ mà ngài đã bỏ qua không trợ giúp được và những món nợ ngài đã mắc phải vì các người xấu số.

Các y tá đã nhận Gioan Thiên Chúa làm thánh bảo trợ.