Lịch sử của Tổng Giáo phận Hà Nội đã trải qua gần 400 năm hình thành và phát triển. Trong đó các thừa sai dòng Tên, Hội Thừa sai Paris cùng với hàng giáo sĩ, tu sĩ và giáo dân Việt Nam, nhờ ơn Chúa, đã đóng góp hết mình để làm nên trang sử của Tổng giáo phận và tô đậm dòng lịch sử Giáo hội Việt Nam. Quá trình lịch sử này được tóm gọn theo ba thời kỳ: thời kỳ giáo sĩ dòng Tên, thời kỳ Hội Thừa sai Paris (MEP) và thời kỳ các giám mục Việt Nam. Ba thời kỳ nằm dưới triều vua Lê - chúa Trịnh, triều Nguyễn, thời Pháp thuộc cho đến khi đất nước độc lập, thống nhất.

1. Thời các giáo sĩ dòng Tên (1626-1663, vua Lê - chúa Trịnh)

Năm 1626, cha Giuliano Baldinotti, người Ý và thầy Piani, người Nhật, là hai thừa sai đầu tiên được cử tới Kẻ Chợ (Thăng Long), hai vị được chúa Trịnh Tráng đón tiếp cách đặc biệt và cho tự do truyền giáo vì lúc đó nhà chúa đang cần vũ khí của người nước ngoài để chống lại chúa Nguyễn ở Đàng Trong. Hai vị không biết tiếng (phải nói qua thông dịch hay bút đàm), nên cha Baldinotti đánh liều viết thư xin các cha dòng Tên ở Đàng Trong ra trợ giúp. Sự việc này khiến chúa Trịnh nghi ngờ và tạo dịp cho một số quan lại chống đối. Sau 5 tháng tại Thăng Long, hai vị chỉ rửa tội được bốn trẻ nhỏ hấp hối. Phái đoàn rời Thăng Long và về tới Macao ngày 16-9-1626 (x. Đắc Lộ, Lịch sử Vương quốc Đàng Ngoài).

Như được chuẩn bị từ trước, cha Giám tỉnh dòng Tên cử hai cha Marques (đến Đàng Trong từ năm 1618) và cha Alexandre de Rhodes (Đắc Lộ) (đến Đàng Trong từ năm 1624), từ Đàng Trong về Macao năm 1626, để chuẩn bị vào Đàng Ngoài. Ngày 12-3-1627, từ Macao cha Marques và Đắc Lộ lên đường và tới Cửa Bạng (Thanh Hoá) ngày 19-3-1627.

Sau vài ngày rao giảng Tin Mừng tại Cửa Bạng, có 2 người xin tòng giáo mang tên Thánh Giuse và Inhaxiô. Trong 2 tuần đợi lệnh chúa Trịnh cho phép tàu lên Kẻ Chợ, hai cha rửa tội tất cả được 32 người. Đoàn truyền giáo được chúa Trịnh tiếp đón nồng hậu khi chúa đang trên đường đi đánh chúa Nguyễn Phúc Nguyên ở Đàng Trong. Sau khi chúa Trịnh thất trận trở về, phái đoàn được chúa đưa về Thăng Long. Hai cha được hưởng nhiều ân huệ và được cấp nhà ở trong phủ chúa; nhưng để tiện dịp tiếp xúc với dân chúng, hai cha xin đến ở vùng Cầu Giền. Tại đây, hai cha bắt đầu mở lớp dạy giáo lý, mỗi khoá 8 ngày, mỗi ngày 6 lớp. Chính từ những buổi dạy này đã khởi thảo tập “Phép Giảng Tám Ngày” được cha Đắc Lộ cho in ở Roma bằng hai thứ tiếng La Tinh và Việt Nam vào năm 1651. Kết quả thật bất ngờ: chính em gái chúa Trịnh là bà Catarina và hàng ngàn người được rửa tội. Tổ chức Thầy Giảng cũng được cha Đắc Lộ thành lập. Công việc rao giảng Tin Mừng đang tiến triển, thì chúa Trịnh nghe lời xúi giục của phe chống đối (tham quan, hoạn quan, phi tần, cung nữ…) trục xuất hai cha về Macao. Trong thời gian 3 năm, tại Đàng Ngoài, hai cha đã rửa tội được 5.602 người. 

Tiếp nối công việc của cha Mar-ques và Đắc Lộ, ngày 15-3-1631, các thừa sai dòng Tên lần lượt có mặt tại Kẻ Chợ và được chúa Trịnh tiếp đón nồng hậu cùng cho phép tự do giảng đạo vì chúa cần sự có mặt của các thừa sai để buôn bán với người Bồ Đào Nha về nhiều mặt hàng, nhất là vũ khí, đạn dược. Từ năm 1631-1663, giáo đoàn Đàng Ngoài được nhiều giáo sĩ dòng Tên đến giúp, trong đó có các cha Gaspar d’Amaral (1631-1638), cha Felice Morelli (1636-1647), cha Girolamo Majorica (1632-1656), cha Filippo Giovani de Marini (1647-1658), cha Onofrio Borgès (1642-1663). 

2. Thời kỳ Hội Thừa sai Paris (MEP)

(Nhà Trịnh, Nhà Nguyễn, và Pháp thuộc)

Ngày 9-9-1659, Toà Thánh thành lập hai giáo phận ở Việt Nam: Đàng Trong và Đàng Ngoài, bổ nhiệm Đức cha François Pallu làm đại diện Tông toà Đàng Ngoài (1659-1679). Suốt thời gian làm đại diện Tông toà, Đức cha Pallu nhiều lần muốn tới Đàng Ngoài để nhận nhiệm sở, nhưng đều bị cản trở, nên ngài nhờ Đức cha P. Lambert de la Motte giám quản giùm và đặt cha F. Deydier Phan làm cha chính (tổng đại diện) giáo phận. Đến năm 1679, Toà Thánh bổ nhiệm ngài làm giám mục giáo phận Phúc Kiến (Trung Quốc). Ngày 27-1-1684, Đức cha lên đường nhận nhiệm sở và 9 tháng sau ngài qua đời tại đây.

Ngày 18-8-1666, cha Deydier có mặt tại Thăng Long để thực thi sứ mệnh truyền giáo. Năm 1669, Đức cha Lambert de la Motte tới Phố Hiến. Đầu năm 1670 ngài truyền chức linh mục cho 7 thầy và các chức “nhỏ” cho 48 thầy, chủ trì Công đồng đầu tiên ở Phố Hiến, lập dòng Mến Thánh Giá tại Kiên Lao và Bái Vàng. 

Năm 1679, giáo phận Đàng Ngoài được chia làm hai: Tây Đàng Ngoài trao cho Hội Thừa sai Paris, do Đức cha Jacques de Bourges (1679-1714) coi sóc. Năm 1713, Đức cha Bourges bị trục xuất. Ngài qua Thái Lan và mất ở đây năm 1714, thọ 83 tuổi. 

Giáo phận Tây Đàng Ngoài năm 1753 gồm: Bố Chính 10.000 giáo dân, Nghệ An 42.500, Thanh Hoá 24.039, Tây Nam (Trấn Sơn Nam) 45.188, Miền Tây (Trấn Sơn Tây) 7.000, Kẻ Chợ 3.000 gồm hai huyện Vĩnh Xương và Quảng Đức, mỗi huyện 18 phường, làm thành “36 phố phường”, tổng cộng 131.727 giáo dân. 

a. Dưới triều nhà Nguyễn (1789-1883) 

Đức cha J.B. Longer Gia (giám mục hiệu toà Gortyna) cai quản giáo phận Tây Đàng Ngoài từ năm 1790-1831. Năm 1802, khi vua Gia Long ra Thăng Long, ngài đã tới yết kiến và nhắc tới mối liên hệ giữa Đức cha Pigneau de Béhaine (Bá Đa Lộc) và nhà vua. Nhà vua hứa cho tự do tôn giáo, nhưng thật ra không được thi hành trong các địa phương. Tình hình giáo phận năm 1830 được biết như sau: 2 giám mục, 6 thừa sai, 87 linh mục bản xứ, 174.000 giáo dân, 50 giáo xứ; 1 đại chủng viện, 20 đại chủng sinh; 2 tiểu chủng viện, 60 tiểu chủng sinh; 595 người lớn được rửa tội, 1.886 trẻ em được rửa tội. Đức cha Longer mất năm 1831.

Đức cha J.M. Havard Giu (giám mục hiệu toà Castorie 1790-1838), trong đời ngài có cha Cornay chết vì đạo năm 1837, còn ngài thì mất năm 1838.

Đức cha Pierre Borie Cao (giám mục hiệu toà Acanthe) được bổ nhiệm giám mục năm 1838 và tử đạo ngay năm đó. Chiếu chỉ cấm đạo ngày 18-1-1839 của vua Minh Mạng đã khiến cho nhiều tín hữu ở Đàng Ngoài bị bách hại và nhiều người chết vì đạo.

Đức cha P.A. Retord Liêu (giám mục hiệu toà Acanthe 1840-1858). Đời ngài là một chuỗi những gian truân, đi ẩn trốn liên tục. Sau khi vua Minh Mạng ngã ngựa băng hà ngày 20-1-1841, Đức cha đã có thể truyền giáo công khai vào những năm 1843-1847. Nhưng khi người Pháp bắn phá Cửa Hàn vào tháng 3-1847, vua Thiệu Trị nổi giận, đã ra sắc chỉ cấm đạo tháng 4-1847. Nhưng sau đó nhà vua băng hà ngày 4-11-1847.

Ngày 27-3-1846, Đức Gregorius XVI chia đôi giáo phận, một giữ tên giáo phận Tây, một mang tên mới giáo phận Nam Đàng Ngoài (Vinh) gồm: Bố Chính và Nghệ An, Hà Tĩnh; giáo phận Tây vẫn rộng lớn.

Dưới thời Tự Đức, Đức cha C.H. Jeantet Khiêm (1847-1866) cai quản giáo phận. Vua Tự Đức cấm đạo gắt gao với 6 sắc chỉ từ 1848-1862 và chỉ cho phép giữ đạo sau hoà ước Nhâm Tuất (1862). Giáo phận đã trải qua cơn khủng bố khốc liệt của những người theo phong trào Văn Thân với khẩu hiệu “Bình Tây sát Tả” cho tới năm 1888.

Đức cha J.S. Theurel Chiêu (giám mục hiệu toà Acanthe 1858-1868). Theo bản tường trình, lúc này trong giáo phận có chừng 39 giáo xứ, 140.000 giáo dân. 

b. Dưới thời bảo hộ Pháp (1883-1945)

Đức cha P.F. Puginier Phước (giám mục hiệu toà Mauricaastre 1868-1892) là người giao thời, ngài đã được mời làm trung gian hoà giải, nhưng sự việc không thành. Người Pháp đã đặt nền đô hộ trên đất nước ta. 

Năm 1895, Toà Thánh phân chia giáo phận Tây thành hai giáo phận, một giữ tên cũ giáo phận Tây, giáo phận mới lấy tên gọi là giáo phận Đoài (Hưng Hoá). 

Năm 1901, Đức Lêô XIII lại chia giáo phận Tây Đàng Ngoài thành 2 giáo phận. Giáo phận mới mang tên giáo phận Thanh (sau là Phát Diệm). Ngày 3-12-1924, Toà Thánh đổi tên các giáo phận tông toà ở Việt Nam theo địa hạt hành chính, nơi đặt toà giám mục, vì thế giáo phận Tây Đàng Ngoài được đổi thành giáo phận Hà Nội.

Đức cha P.M. Gendreau Đông (giám mục hiệu toà Chrysopolis) cai quản giáo phận từ 1887-1934. Không kể việc điều tra và thiết lập các hồ sơ tử đạo, ngài đã làm nhiều việc xã hội và thiết lập các tổ chức giáo dục và đào tạo giáo dân cũng như giáo sĩ. Năm 1935, khai mạc Công đồng Đông Dương. 

Thời kỳ Đức cha F. Chaize Thịnh (giám mục hiệu toà Alabanda 1925-1949), Công đồng Đông Dương 1935 đã mở đường cho việc mở mang dân trí, phát triển các tổ chức giáo dục và đào tạo cũng như việc xã hội từ thiện. Năm 1937, mở câu lạc bộ nghiên cứu xã hội, cho phát triển ngành Công giáo Tiến hành. Theo bản phúc trình năm 1930, trong giáo phận có: 27 thừa sai, 143 linh mục Việt Nam phục vụ trong 88 giáo xứ, 400 thầy giảng, khoảng 400 nữ tu, trong đó có dòng Mến Thánh Giá, dòng Kín Carmel Hà Nội, dòng Sư Huynh La San với 700 học sinh, dòng Đa Minh Pháp, dòng Đức Bà.

Năm 1948, giáo phận có khoảng hai triệu dân, giáo dân khoảng 195.000 người, 30 thừa sai, 135 linh mục, 95 tu sĩ, 491 nữ tu. Đại chủng viện Xuân Bích đóng cửa sau biến cố ngày 19-12-1946, được mở lại vào năm 1948.

3. Thời kỳ Hàng Giáo phẩm Việt Nam

Tại Phát Diệm, Bùi Chu và Vĩnh Long đã có giám mục Việt Nam, nhưng giáo phận Hà Nội vẫn thuộc Hội Thừa sai.

Năm 1950, Đức cha Giuse Maria Trịnh Như Khuê được bổ nhiệm làm giám mục Hà Nội, trong thời kỳ đất nước trải qua nhiều biến cố lớn: sự kiện tuyên ngôn độc lập ngày 2-9-1945, cuộc di cư năm 1954, phong trào cải cách ruộng đất năm 1956. Đức cha đã có Thư Chung nhắn nhủ giáo dân và rao giảng tình yêu thương đồng bào.

Ngày 24-11-1960, Toà Thánh quyết định thành lập Hàng Giáo phẩm Việt Nam, nâng giáo phận tông toà lên hàng chính toà, giáo phận Hà Nội được nâng lên hàng tổng giáo phận và đặt Đức cha Giuse Trịnh Như Khuê làm tổng giám mục. Ngày 24-5-1976, ngài được phong làm Hồng y tiên khởi của Việt Nam và qua đời ngày 27-11-1978.

Ngày 2-6-1963, Toà Thánh bổ nhiệm Đức cha Giuse Maria Trịnh Văn Căn làm phó tổng giám mục Hà Nội. Sau khi Đức Hồng y Khuê qua đời, ngài trở thành Tổng giám mục chính toà. Ngày 30-6-1979, Đức Gioan Phaolô II bổ nhiệm Tổng giám mục Giuse Trịnh Văn Căn làm hồng y, Đức cha F.X. Nguyễn Văn Sang làm giám mục phụ tá. Ngày 16-11-1985, Đức Hồng y ký Thỉnh nguyện thư xin tuyên thánh cho 117 chân phước tử đạo ở Việt Nam và được Đức Thánh Cha Gioan Phaolô II chấp thuận.

Ngày 18-5-1990, Đức Hồng y Trịnh Văn Căn từ trần sau một cơn bạo bệnh. Ngày 23-4-1994, Đức Gioan Phaolô II bổ nhiệm Đức cha Phaolô Giuse Phạm Đình Tụng làm tổng giám mục Hà Nội và linh mục Phaolô Lê Đắc Trọng, tổng đại diện giáo phận Hà Nội, làm giám mục phụ tá. 

Ngày 26-11-1994, Toà Thánh phong Hồng y cho Đức Tgm. Phaolô Giuse Phạm Đình Tụng tại Roma. Ngài được các giám mục bầu làm Chủ tịch HĐGM VN trong đại hội lần VI ở Hà Nội, từ 25-9 đến 1-10-1995. Ngài đã tích cực củng cố Đại Chủng viện Thánh Giuse Hà Nội và đời sống đức tin của giáo dân. 

Ngày 26-4-2003, Đức Thánh Cha đã chính thức bổ nhiệm Đức cha Giuse Ngô Quang Kiệt, giám mục giáo phận Lạng Sơn, làm giám quản tông toà tổng giáo phận Hà Nội và chấp nhận đơn xin nghỉ hưu của Đức Hồng y Phaolô Giuse Phạm Đình Tụng.

Ngày 19-2-2005, ĐTC bổ nhiệm Đức cha Giuse Ngô Quang Kiệt làm Tổng Giám mục Tổng Giáo phận Hà Nội.

Ngày 22-4-2010, ĐTC Bênêđictô XVI đã bổ nhiệm Đức cha Phêrô Nguyễn Văn Nhơn, đang là GM. Đà Lạt, Chủ tịch HĐGM Việt Nam, làm Tổng Giám mục Phó với quyền kế vị của Tổng Giáo phận Hà Nội.

Ngày 13-5-2011, ĐTC Bênêđictô XVI đã chấp nhận đơn xin từ chức của Đức TGM. Giuse Ngô Quang Kiệt vì lý do sức khoẻ. Đức TGM. Phó Phêrô Nguyễn Văn Nhơn lên kế vị chức Tổng Giám mục Hà Nội.