1802.   Nguyễn Ánh thắng Tây Sơn, lên ngôi lấy niên hiệu là Gia Long, 1802-1820, thống nhất sơn hà, đặt quốc hiệu là Việt Nam, chọn Phú Xuân (Huế) làm kinh đô. Vì nhớ công Giám mục Pigneau, vua Gia Long không bách hại đạo, nhưng nhà vua cũng không nâng đỡ đạo. Do đó, Giáo hội Việt Nam được một thời gian ngắn bình an và phát triển.

1803.   Giám mục Labartette họp tất cả các giáo sĩ tại Huế, thảo luận phương thức hoạt động truyền giáo. Thống kê lúc đó ghi nhận:

- Giáo phận Đông Đàng Ngoài: l giám mục, 41 linh mục Việt Nam, 4 thừa sai và 140.000 tín hữu.

- Giáo phận Tây Đàng Ngoài: 1 giám mục, 65 linh mục Việt Nam, 5 thừa sai và 120.000 tín hữu.

- Giáo phận Đàng Trong: 1 giám mục, 65 linh mục Việt Nam, 5 thừa sai và 60.000 tín hữu.

1820.   Vua Minh Mạng (Thánh Tổ Nhân Hoàng Đế, 1820-1841), nối nghiệp Gia Long. Ông chịu ảnh hưởng các vua Trung Hoa và Nhật Bản, nên cai trị nước bằng chính sách bế quan toả cảng.

1822.   Nhân kỷ niệm sinh nhật nhà vua, Đức cha Labartette đến Huế, xin yết kiến, dâng lễ vật mừng. Vua Minh Mạng nhận lễ vật, nhưng từ chối gặp Đức cha.

1825.   Vua Minh Mạng ra chỉ dụ cấm đạo gồm 2 điểm:

- Cấm tất cả các giáo sĩ ngoại quốc theo tàu buôn vào Việt Nam.

- Tập trung tất cả các giáo sĩ ngoại quốc vào những địa điểm chỉ định để kiểm soát.

1833.   (6-1) Chỉ dụ cấm đạo của vua Minh Mạng.

(5-7) Lê Văn Khôi khởi binh tại Gia Định.

1835.   Ngày 8-9, thành Phiên An bị quân triều đình đánh chiếm, lm. Joseph Marchand Du bị bắt đem về Huế và lm. Giuse Phước, cha sở Chợ Quán, bị hành quyết tại chỗ.

1838.   Đây là lần thứ tư vua Minh Mạng ra chiếu chỉ cấm đạo (1825-1833-1836).

* Lúc này, Trung Hoa thất trận với các cường quốc châu Âu, vua Minh Mạng đổi đường lối chính trị, ngoại giao, nên cử phái bộ Phan Thanh Giản sang Pháp thương thuyết, nhưng vua Pháp, Louis Philippe, từ chối tiếp phái bộ.

1840.   Giáo phận Đàng Trong, dù trong 10 năm cấm cách, bách hại, số tín hữu vẫn tăng lên đến 75.000 (năm 1830 là 60.000).

Phái bộ ngoại giao Phan Thanh Giản thất bại trở về nước, vua Minh Mạng duy trì cấm đạo tàn khốc vào cuối đời.

1841.   (21-1) Vua Minh Mạng băng hà (1820-1841). Vua Thiệu Trị (Hiến Tổ Chương Hoàng Đế, 1841-1847) lên nối ngôi và ban lệnh ân xá cho tất cả các tù nhân không Công giáo cũng như Công giáo đều được trở về quê hương. Nhà vua không bắt đạo gắt gao, nhưng cũng không huỷ bỏ những chỉ dụ cấm đạo. Nhà vua cai trị một thời gian ngắn ngủi, rồi băng hà lúc 37 tuổi.

Giám mục Etienne Théodore Cuénot Thể họp Công đồng các linh mục tại Gò Thị, Bình Định. Ngài chú tâm tới việc truyền giáo, huấn luyện và nâng cao trình độ cho hàng giáo sĩ.

1843.   (15-3) Năm thừa sai Pháp bị giam giữ ở Huế được dẫn độ vào cảng Đà Nẵng trao trả cho tàu L’Héroine gồm: thừa sai Berneux và Galy bị bắt ở Phúc Nhạc (11-4-1841), thừa sai Charrier ở Bàu Nọ (5-10-1841),  thừa sai Duclos Lộ và J.C. Miche Mịch ở Phú Yên (2-5-1842).

1844.   (17-5) Đức Thánh Cha Gregorius XVI phân chia giáo phận Đàng Trong thành hai giáo phận mới: giáo phận Tây Đàng Trong (Sài Gòn) gồm lục tỉnh Nam Kỳ và Cao Miên, đặt Đức cha D. Lefèbvre Ngãi chăm sóc và giáo phận Đông Đàng Trong (Quy Nhơn) dưới quyền hướng dẫn của Giám mục Cuénot Thể.

(31-10) Giám mục Lefèbvre bị bắt tại Cái Nhum và bị giải về Huế.

1845.   (15-4) Giám mục Lefèbvre được trao trả cho tàu Alemène.

1846.   (27-3) Giáo phận Tây Đàng Ngoài được chia làm hai: giáo phận Tây Đàng Ngoài (Hà Nội) được Giám mục P.A. Retord Liêu cai quản và giáo phận Nam Đàng Ngoài (Vinh, Nghệ An) do Giám mục J.D. Gauthier Hậu quản trị.

(7-6) Thuyền chở Giám mục Lefèbvre, từ Singapore về, bị bắt tại cửa Cần Giờ: ngài được giải về Sài Gòn. Thừa sai Duclos chết trong khi bị giam. Chủ thuyền Lê Văn Gẫm và những người cùng đi bị bắt và bị tống giam tại Sài Gòn.

1847.   (15-4) Tàu Pháp bắn phá cảng Đà Nẵng.

(3-5) Vua Thiệu Trị ban hành lệnh chống Công giáo.

(4-11) Vua Thiệu Trị băng hà. Tự Đức, hiệu Dục Tông Anh Hoàng Đế (1847-1883) lên nối ngôi, bắt đầu một trang sử mới.

1848.   Giáo phận Đông Đàng Ngoài được chia thành hai giáo phận: Giáo phận Đông Đàng Ngoài và Trung Đàng Ngoài (Bùi Chu) gồm hai tỉnh Nam Định và Hưng Yên, do Đức cha Domingo Marti Gia chăm sóc.

Vua Tự Đức ra chỉ dụ cấm đạo Giatô lần I. Chỉ dụ truyền khắc hai chữ “tả đạo” vào má các tín hữu trung kiên, rồi đẩy họ vào những nơi rừng thiêng nước độc.

Tháng 3, Hồng Bảo, anh cả của vua Tự Đức, âm mưu chiếm đoạt ngai vàng.

Tháng 7, vua Tự Đức ban hành chỉ dụ truy lùng các đạo trưởng ngoại quốc.

1850.   Toà Thánh chia giáo phận Đông Đàng Trong làm hai: giáo phận Bắc Đàng Trong gồm một phần của tỉnh Quảng Bình, Quảng Trị và Thừa Thiên, đặt Giám mục F.M. Pellerin Phan cai quản và giáo phận Đông Đàng Trong từ Đà Nẵng, Quy Nhơn đến Phan Thiết. Giáo phận Tây Đàng Trong chia hai: giáo phận Nam Vang gồm nước Cambodia và các tỉnh phía Nam Hậu Giang của Việt Nam, trao cho Giám mục Jean Claude Miche Mịch lãnh đạo. Giáo phận Tây Đàng Trong từ Đồng Nai đến Vĩnh Long do Giám mục Lefèbvre coi sóc.

1851.   Cuối tháng Giêng, Hồng Bảo bị bắt quả tang lên thuyền nước ngoài trốn thoát, được ân giảm.

1852.   Do chiếu chỉ của vua Tự Đức, các thừa sai và giáo sĩ bị truy lùng gắt gao, giam cầm, tra tấn…

Nhưng vì thiên tai, đại hạn, bão lụt… nhà vua tạm thời ngưng cuộc bách hại tại miền Bắc (1852-1855).

1853.   Tại miền Nam, tình hình bắt đạo vẫn gay gắt.

1854.   Tháng 3, âm mưu trốn ra nước ngoài của Hồng Bảo lại bị bại lộ. Ông bị bắt và thắt cổ chết trong tù.

(18-9) Chỉ dụ chống Công giáo được ban bố với những hình phạt nặng nề hơn.

1855.   Tháng 9, vua Tự Đức ra lệnh cấm đạo lần III. Chỉ dụ này ra án: các Tây Dương đạo trưởng, bị bắt sẽ phải chịu chém, bêu đầu ba ngày ở những nơi công cộng và bị quăng xác xuống biển.

1856.   (25 đến 26-9) Tàu Pháp bắn phá cảng Đà Nẵng làm vua Tự Đức nổi giận.

1857.   Vua Tự Đức ra chiếu chỉ cấm đạo lần IV vào ngày 7-5-1857.

1858.   Chiến tranh giữa Pháp, Tây Ban Nha và Việt Nam bùng nổ. Hải quân của liên quân chiếm Cửa Hàn. Tình hình chính trị và tôn giáo càng thêm khó khăn.

1859.   Liên quân Pháp-Tây Ban Nha tiến vào cửa Cần Giờ, bắn phá và tiến chiếm Gia Định (Sài Gòn) ngày 17-2.

1860.   Tháng 4, các nữ tu dòng Saint Paul de Chartres từ Hồng Kông đến Sài Gòn.

1861.   Pháp chiếm thành Kỳ Hoà, mở rộng vòng kiểm soát tới Biên Hoà, Tây Ninh, Mỹ Tho, Vĩnh Long. Triều đình cử phái bộ Phan Thanh Giản và Lâm Duy Nghiệp vào Gia Định để nghị hoà. Trong tình hình nội trị bất ổn, ngoại giao không mấy kết quả, triều đình càng căm thù và ra tay giết hại các tín hữu.

Vào cuối tháng 3, các tín hữu tại Ba Giồng và Hữu Đạo bị sát hại tập thể.

Tháng 7, nhà vua ban hành lệnh phân tháp (phân sáp) người Công giáo vào các làng không Công giáo.

Tháng 12: những vụ sát hại tập thể các giáo hữu tại Biên Hoà và Bà Rịa.

1862.   Hoà ước Nhâm Tuất có khoản quy định về tự do tôn giáo, nhưng vua Tự Đức vẫn duy trì việc cấm đạo.

Những vụ sát hại tập thể ở Nam Định và Hưng Yên. Ở Biên Hoà: những vụ hỗn loạn, đốt phá, sát hại tại Long Thành, Tân Triều, Búng, Thủ Ngữ, Trảng Bàng, Trảng Thơm và Gò Sầm.

Tổng kết: Ba triều vua Minh Mạng, Thiệu Trị và Tự Đức có hơn 40.000 nhân chứng đức tin.

1863.   Tháng 4, tại kinh đô Huế cử hành lễ trao đổi các bản văn của hoà ước Nhâm Tuất. Giám mục J.H. Sohier Bình, đại diện tông toà Bắc Đàng Trong (giáo phận Huế ngày nay), lần đầu tiên xuất hiện tại sứ quán ở kinh thành Huế.

Vào tháng 5, các nữ tu dòng Kín Carmel Lisieux, Pháp, đến Sài Gòn.

Tháng 6, triều đình cử phái bộ Phan Thanh Giản sang Pháp nghị hoà lần II về việc chuộc lại 3 tỉnh miền Đông Nam Bộ đã nhượng cho Pháp theo hoà ước Nhâm Tuất. Trong phái bộ, có chủng sinh Phaolô Nguyễn Hoàng (giáo phận Nam Đàng Ngoài) là thông dịch viên của triều đình, Petrus Trương Vĩnh Ký là thông dịch viên do Thống soái Pháp ở Sài Gòn cử đi.

Nguyễn Trường Tộ, một nhân sĩ Công giáo, quê ở Bùi Chu (xã Hưng Tây, huyện Hưng Nguyên, tỉnh Nghệ An ngày nay) dâng lên triều đình ba bản điều trần đầu tiên: Trần tình khải, Thiên hạ đại thế luận, Giáo môn luận và Tế cấp bát điều.

1864.   Tháng 7, khánh thành nguyện đường dòng Thánh Phaolô (4 Tôn Đức Thắng, TP. Hồ Chí Minh ngày nay).

1866.   Tháng 9, Giám mục Gauthier Ngô Gia Hậu, đại diện tông toà Nam Đàng Ngoài, và Nguyễn Trường Tộ được vua Tự Đức cử đi Pháp mời thầy dạy và mua trang thiết bị xây trường kỹ thuật.

1867.   Tháng 6, Pháp chiếm ba tỉnh miền Tây Nam Bộ. Phong trào Văn Thân bắt đầu ở Nghệ An và Nam Định.

1868.   Tháng 3, Đức cha Gauthier, Nguyễn Trường Tộ và các giáo sư được mời về tới Huế.

Tháng 4, phong trào Văn Thân chống Pháp và bài Công giáo hoạt động mạnh.

1869.   Vua Tự Đức ra hai chỉ dụ tha việc cấm đạo:

- Chỉ dụ 1: cho phép lập làng Công giáo.

- Chỉ dụ 2: người Công giáo được tự do hành đạo và cử hành các nghi thức tôn giáo.

1873.   Tháng 11, quân Pháp chiếm Hà Nội lần I với một số tỉnh ở vùng đồng bằng sông Hồng. Ngày 21-12, Francis Garnier tử trận.

1874.   Tháng Giêng, Pháp bắt đầu rút quân. Phong trào Văn Thân hoạt động mạnh trở lại ở Nam Định, Ninh Bình, rồi Thanh Hoá, Nghệ An, Hà Tĩnh.

Hoà ước Giáp Tuất (15-3-1874) chấp nhận nhượng sáu tỉnh Nam Kỳ cho Pháp. Hoà ước gồm 20 khoản, mà 9 khoản đề cập đến vấn đề tự do tôn giáo.

1882.   Tháng 4, đại tá Henri Rivière được lệnh đem quân ra Bắc Kỳ lần II: ngày 25-4, quân Pháp chiếm Hà Nội. Tổng đốc Hà Nội là Hoàng Diệu thắt cổ tự vẫn. Sau đó, Henri Rivière đem quân vào chiếm đóng kinh thành Huế.

1883.   (22-2) Rivière chiếm đóng Hòn Gai.

(27-3) Rivière chiếm Nam Định.

(19-5) Rivière tử thương. Phong trào Văn Thân lại trỗi dậy mạnh mẽ.

(19-7) Vua Tự Đức băng hà.

(23-7 âl.) (25-8 dl.) Hoà ước Quý Mùi: khâm sai Trần Đình Trực và Nguyễn Trọng Hợp, thay mặt triều đình Huế, ký với toàn quyền, đại diện Pháp, Jules Harmand, nhận sự bảo hộ của Pháp và việc ngoại giao của Việt Nam phải chịu sự chi phối của Pháp. Hoà ước gồm 27 khoản, không nhắc tới vấn đề tôn giáo.

Toà Thánh thiết lập giáo phận Bắc (Bắc Ninh), tách từ giáo phận Đông (Hải Phòng), gồm các tỉnh Bắc Ninh, Thái Nguyên, Lạng Sơn và Cao Bằng, do Đức cha A. Colomer Lễ đảm trách.

Vua Hiệp Hoà lên nối ngôi được 4 tháng. Ông bị ép uống thuốc độc chết.

(7-10) Vua Kiến Phúc, 15 tuổi, lên nối ngôi. Mọi quyết định đều nằm trong tay hai đại thần: Nguyễn Văn Tường và Tôn Thất Thuyết.

1884.   (6-6) Hoà ước Giáp Thân được ký giữa Nguyễn Văn Tường và Patenôtre: bổ túc cho hoà ước Quý Mùi. Điểm chính của hoà ước này là Chính phủ Pháp bảo hộ Bắc Kỳ, lục tỉnh Nam Kỳ là thuộc địa Pháp và Trung Kỳ thuộc quyền cai trị của triều đình Huế. Nhưng thực chất, triều đình chỉ còn hư vị. Hoà ước này cũng huỷ bỏ hiệu lực của hoà ước 15-3-1874, nhưng vẫn giữ lại những cam kết của triều đình liên quan đến mặt tôn giáo.

Vua Kiến Phúc nối ngôi được 6 tháng, thì nhuốm bệnh và băng hà. Vua Hàm Nghi mới 12 tuổi được đặt lên kế vị.

1885-1886. Phong trào Văn Thân nổi lên khắp nước vì phẫn nộ với người Pháp xâm chiếm Việt Nam. Người Công giáo lại bị bắt bớ, tàn sát dã man vì bị coi là theo thực dân Pháp.

- Binh lính triều đình Huế tấn công đồn Pháp thất bại.

- Vua Hàm Nghi và một số triều thần rời kinh thành, vào rừng lập chiến khu, kêu gọi Cần Vương. Sĩ phu khắp nơi hưởng ứng, đứng lên chống Pháp và chống Công giáo. Nhiều cuộc tàn sát lẫn nhau giữa người Việt với người Việt, nhất là trong những vùng hoạt động của phong trào Văn Thân như: Quảng Nam, Quảng Ngãi, Bình Trị Thiên, Nghệ Tĩnh, Thanh Hoá, Nam Định, Ninh Bình…

1890.   Việt Nam có 708.000 tín hữu.

1895.   (15-4) Giáo phận Hưng Hoá được thiết lập gồm các tỉnh: Sơn Tây, Yên Bái, Hoà Bình, Lai Châu và được đặt dưới quyền điều khiển của Giám mục Paul Marie Raymond Lộc.