Huế là một vùng đất cổ. Vào thế kỷ XIII, vùng đất này hoà nhập vào nước Đại Việt vì là quà tặng của vua Chiêm Thành khi cưới công chúa Huyền Trân của nhà Trần. Huế được chúa Tiên Nguyễn Hoàng chọn làm kinh đô của xứ Đàng Trong (1558) và vua Gia Long chọn làm kinh đô của triều Nguyễn (1802-1945).

  Giáo phận Huế được thành lập do Sắc chỉ Postulat Apostolici của Đức Piô IX ký ngày 27-8-1850 với tên gọi là giáo phận Bắc Đàng Trong, sau này tách ra từ giáo phận Đông Đàng Trong (là giáo phận Quy Nhơn sau này) (từ năm 1844). Năm 1924 được đổi tên là giáo phận Huế và được nâng lên thành Tổng giáo phận khi Toà Thánh thiết lập Hàng Giáo phẩm Việt Nam (1960). Giáo phận Huế đã trải qua những giai đoạn chính sau đây:

1. Nửa thế kỷ dòng Tên đặt nền móng ở Đàng Trong (1615-1665)

  Vào khoảng năm 1596, một vị thừa sai Âu Châu là cha Diego Aduart đến Huế gặp gỡ nhà chức trách địa phương là chúa Nguyễn với tính cách ngoại giao. Cuộc gặp này tuy ngắn ngủi nhưng hai bên đã có thiện cảm ngay từ đầu. Tuy nhiên, công cuộc truyền giáo mới khởi sự do các cha dòng Tên thuộc Bồ Đào Nha. Trong thời gian này, toà giám mục đóng tại Malacca. Sau đó từ Macao, một nhượng địa bé nhỏ của Bồ Đào Nha trong vùng đất phía Nam Trung Quốc, nhiều vị thừa sai người Bồ Đào Nha đã đến truyền giáo tại Việt Nam. Cha Francesco Buzomi được coi là người đầu tiên đến xứ Đàng Trong, ngài có mặt tại Hội An vào năm 1615 và giảng đạo tại Quảng Ngãi, Nước Mặn (Quy Nhơn). Trong khoảng thời gian 1615-1665, có 30 linh mục và 5 trợ sĩ dòng Tên hoạt động ở Đàng Trong, trong số này có cha Francisco de Pina rất thông thạo tiếng Việt và cha Alexandre de Rhodes (Đắc Lộ), người được xem là có công lớn trong việc sáng lập chữ quốc ngữ với những tác phẩm như: Phép Giảng Tám Ngày và Từ Điển Việt-Bồ-La in tại Roma năm 1651. Năm 1625, cha Pina đến Thuận Hoá rửa tội cho bà Minh Đức Vương Thái Phi, vương phi của chúa Tiên Nguyễn Hoàng.

  Công cuộc truyền giáo của các thừa sai dòng Tên ở Đàng Trong đã có những kết quả rất rõ rệt với khoảng 20.000 tín hữu và tổ chức thầy giảng, câu trùm… Năm 1659, Đức Alexander VII thiết lập hai giáo phận đầu tiên: Đàng Ngoài và Đàng Trong. Huế thuộc giáo phận Đàng Trong do vị đại diện tông toà là Đức cha Pierre Lambert de la Motte cai quản, gồm khu vực từ sông Gianh trở vào của chúa Nguyễn, nước Chiêm Thành và Cao Miên.

2. Huế thuộc giáo phận Đàng Trong (1659-1844)

  Trong gần hai thế kỷ, 16 giám mục đại diện tông toà đã kế tiếp nhau chịu đựng biết bao gian khổ và làm việc cật lực để xây dựng giáo phận Đàng Trong được trao phó cho mình. Điều đáng tiếc là cuộc tranh chấp giữa các thừa sai dòng Tên và các giám mục đại diện tông toà về quyền bính và các lễ nghi tôn giáo, khiến cho Toà Thánh phải sai Đức cha E.F. de la Baume sang để dàn xếp.

  Tuy gặp nhiều khó khăn, nhưng các giám mục vẫn nhiệt tâm xây dựng giáo phận bằng việc đào tạo hàng giáo sĩ bản xứ, thiết lập các chủng viện như: Carolo Thợ Đúc (1739-1750), Hoà Ninh (1784-1801), An Ninh (1802), Dương Sơn (1829), và Kẻ Sen, Di Loan (1847-1858), lập cộng đoàn nữ tu Mến Thánh Giá Thợ Đúc (1719), huấn luyện các chức việc làm thành cơ cấu cho Giáo hội Việt Nam.

  Trong giai đoạn này, có tới 10 lần cấm đạo với  8 vị chứng nhân đã được phong thánh, và đặc biệt có biến cố Đức Mẹ hiện ra tại La Vang vào năm 1798.

Năm 1844, Toà Thánh tách giáo phận Đàng Trong thành hai: Tây Đàng Trong (Sài Gòn) và Đông Đàng Trong (Quy Nhơn), đồng thời giao cho Đức cha Etienne Théodore Cuénot Thể coi sóc giáo phận Đông Đàng Trong.

3. Thành lập, xây dựng giáo phận Huế (1850-1960)

  Năm 1850, Huế trở thành một giáo phận biệt lập gọi là giáo phận Bắc Đàng Trong với vị giám mục tiên khởi là Đức cha François Marie Pellerin Phan. Ngài đặt toà giám mục tại Di Loan. Hàng giáo sĩ có hai thừa sai người Pháp, 12 linh mục Việt Nam, với khoảng 24.000 tín hữu.

  Vua Tự Đức (1848-1883) đã ra nhiều sắc dụ cấm đạo và bách hại các giáo hữu một cách gắt gao vì nghi ngờ các thừa sai. Đây cũng là một lý do để người Pháp can thiệp vào nội bộ Việt Nam. Năm 1862, triều đình Huế phải ký hoà ước Nhâm Tuất với liên quân Pháp và Tây Ban Nha và buộc phải nhận cho tự do theo đạo Công giáo ngay ở điều 1 của bản hoà ước.

  Đức cha Joseph Hyacinthe Sohier Bình lợi dụng sắc dụ tha đạo của vua Tự Đức (1862) đã đặt toà giám mục tại Kim Long, tổ chức tuần tĩnh tâm cho tất cả các linh mục và phong chức long trọng cho hai linh mục Việt Nam, trong đó có cha Giuse Hồ Đình Tính, con của Thánh  Micae Hồ Đình Hy.

  Trong thời gian Đức cha Marie Antoine Gaspar Lộc cai quản giáo phận, đã xảy ra các cuộc tàn sát của Văn Thân (1883-1886). Ngài thiết lập Đại chủng viện Phú Xuân, mời các nữ tu dòng Thánh Phaolô thành Chartres (1889) và các sư huynh Lasan (1904) đến phục vụ giáo phận. Năm 1901, ngài cũng khánh thành Đền thánh Đức Mẹ La Vang và tổ chức Đại hội hành hương La Vang đầu tiên. Số tín hữu vào cuối đời ngài (1906) lên đến 62.000 người.

  Đức cha Eugène Marie Allys Lý (1908-1931) kế nhiệm Đức cha Gaspar đã di chuyển toà giám mục từ Kim Long về Phủ Cam và lấy nhà thờ Phủ Cam làm nhà thờ chính toà. Ngài cho xây cất toà giám mục và sở quản lý gần Phủ Cam và xây dựng lại Đền thánh La Vang (1924), Toà khâm sứ (1925). Năm 1931, Đức cha Allys Lý xin từ chức vì bị mù, Đức cha Alexander Paul Chabanon Giáo (1931-1936) lên thay. Năm 1933, Đức cha cũng cho xây dựng trường Thiên Hựu (Providence) nổi tiếng ở Huế. Trong thời gian này, Toà Thánh bắt đầu trao quyền cai quản giáo phận cho hàng giáo sĩ Việt Nam với Đức cha Gioan Baotixita Nguyễn Bá Tòng (1933) làm giám mục giáo phận Phát Diệm, Đức cha Đôminicô Hồ Ngọc Cẩn, làm giám mục giáo phận Bùi Chu (1935).

  Đức cha François Arsène Lemasle Lễ (1937-1946), kế nhiệm Đức cha Chabanon Giáo, phát triển các hoạt động Công giáo Tiến hành trong giáo phận với các phong trào như: Thanh Sinh Công, Hướng Đạo, Nghĩa Binh Thánh Thể, Hội Bác Ái Vinh Sơn, Dòng Ba Phanxicô. Năm 1941, Công đồng Đông Dương đã họp tại Toà khâm mạng Phủ Cam, và lập dòng Biển Đức tại Thiên An (1940). Giáo phận Huế lớn mạnh với số giáo dân 74.904 người, 25 thừa sai Paris, 102 linh mục người Việt Nam. Vào năm 1938, Đức cha Phêrô Martinô Ngô Đình Thục được chọn làm giám mục Vĩnh Long.

  Đức cha Jean Baptiste Urrutia Thi (1948-1960) cai quản giáo phận vào lúc xảy ra chiến tranh Việt-Pháp. Hiệp định Genève năm 1954 chia đôi đất nước, lấy vĩ tuyến 17 (sông Bến Hải) làm ranh giới. Quảng Bình và một phần Quảng Trị thuộc miền Bắc, đa số giáo dân trong các phần đất này di cư vào Nam. Ngài lập thêm nhiều giáo xứ mới, xây nhiều trường trung, tiểu học và lập thêm nhiều đoàn thể Công giáo Tiến hành trong giáo phận. Sau 12 năm làm giám mục, Đức cha được thăng chức tổng giám mục, hiệu toà Karpatos và hưu trí ngày 24-11-1960. Giáo phận Huế cùng với tất cả các giáo phận khác ở Việt Nam bắt đầu một giai đoạn mới.

4. Tổng giáo phận Huế

Đức Thánh Cha Gioan XXIII, trong Tông thư Venerabilium Nostrorum ngày 24-11-1960, đã thiết lập Hàng Giáo phẩm Công giáo Việt Nam với ba giáo tỉnh: Hà Nội, Huế, Sài Gòn. Giáo tỉnh Huế gồm các giáo phận: Huế, Quy Nhơn, Nha Trang, Kontum (1960), Đà Nẵng (1963), Ban Mê Thuột (1967). Ngày 8-12-1960, Đức Thánh Cha Gioan XXIII lại ban sắc lệnh nâng giáo phận Huế lên cấp tổng giáo phận và trao quyền cai quản cho Đức Tổng giám mục Phêrô Martinô Ngô Đình Thục (1960-1968). Ngài kiến thiết và tổ chức lại giáo phận, cho xây Tiểu chủng viện Hoan Thiện và lập lại Đại chủng viện Phú Xuân.

Ngày 13-4-1961, các giám mục miền Nam Việt Nam họp tại Huế, đã quyết định thiết lập Trung tâm Thánh Mẫu Toàn quốc tại La Vang và ngày 22-8-1961, đền thờ La Vang được cung hiến trở thành Vương Cung Thánh Đường do Tông thư Magno Nos của Đức Thánh Cha Gioan XXIII.

Tình trạng giáo phận Huế năm 1962 như sau:

Số linh mục: 162 (112 triều, 50 dòng). Số tín hữu: 100.225 người. Giáo xứ có linh mục: 85. Giáo họ không có linh mục: 264. Nhà thờ có sức chứa trên 400 người: 95 và nhà thờ có sức chứa dưới 400 người: 143.

Năm 1962, Đức Tổng giám mục Phêrô Ngô Đình Thục đã đi dự Công đồng Chung Vatican II và ở lại Roma do biến cố lật đổ chính quyền Tổng thống Ngô Đình Diệm vào năm 1963. Năm 1968, ngài từ chức, hưu trí và từ trần tại Hoa Kỳ vào năm 1984.

Toà Thánh đặt Đức cha Philipphê Nguyễn Kim Điền (1968-1988) làm giám quản tông toà tổng giáo phận Huế năm 1964. Sau khi Đức Tổng giám mục Ngô Đình Thục từ chức, Đức cha Nguyễn Kim Điền trở thành tổng giám mục chính thức của tổng giáo phận (1968). Ngài đã trải qua các biến cố lớn năm 1968, 1972 và 1975. Tình hình chính trị bất ổn tác động lên những tôn giáo ở Huế. Giáo dân Huế nhiều lần ra đi và trở lại. Ngày 7-9-1975, Đức Tổng giám mục Philipphê Nguyễn Kim Điền tấn phong linh mục Stêphanô Nguyễn Như Thể làm tổng giám mục phó. Ngài cai quản giáo phận với rất nhiều khó khăn thử thách cho đến khi ngã bệnh trầm trọng. Ngài vào miền Nam chữa bệnh và qua đời tại đây ngày 8-6-1988.

Năm 1988, Toà Thánh bổ nhiệm Đức Hồng y Giuse Maria Trịnh Văn Căn, tổng giám mục Hà Nội, làm giám quản tông toà Huế (trong thời gian 1988-1990). Năm 1990, Đức Hồng y qua đời đột ngột tại Hà Nội. Tổng giáo phận Huế “trống toà” trong vòng 4 năm. Cha Giacôbê Lê Văn Mẫn làm giám quản giáo phận cho tới khi Toà Thánh bổ nhiệm Đức Tổng giám mục Stêphanô Nguyễn Như Thể làm giám quản tông toà Huế ngày 23-4-1994. Đại chủng viện liên giáo phận Huế, Đà Nẵng, Kontum được mở cửa lại và do các linh mục thuộc hội Xuân Bích điều hành. Ngài sắp xếp lại các hạt của giáo phận, đặt các linh mục phụ trách các ngành, bồi dưỡng tu đức và trí thức cho các linh mục, tu sĩ, chủng sinh.

Ngày 9-3-1998, Toà Thánh bổ nhiệm Đức Tổng giám mục Stêphanô Nguyễn Như Thể chính thức cai quản giáo phận sau 10 năm “trống toà”. Tháng 8-1998, ngài tổ chức Tam Nhật Đại Hội kỷ niệm 200 năm Đức Mẹ hiện ra tại La Vang và tháng 8-1999 kết thúc Năm Thánh kỷ niệm. Cả một rừng người đông đảo từ nhiều miền đất nước và hải ngoại đã tụ họp về La Vang. Năm 2000, Đức Tổng giám mục Stêphanô Nguyễn Như Thể cũng tổ chức lễ kỷ niệm 150 năm ngày thành lập giáo phận Huế.

Ngày 19-2-2005, Toà Thánh bổ nhiệm Linh mục P.X. Lê Văn Hồng làm Giám mục Phụ tá Tổng Giáo phận Huế.

Ngày 18-8-2012, ĐTC Bênêđictô XVI đã nhận đơn từ chức vì lý do tuổi tác của Đức cha Stêphanô Nguyễn Như Thể, TGM Chính toà Tổng Giáo phận Huế, và bổ nhiệm Đức cha Phanxicô Xaviê Lê Văn Hồng lên kế nhiệm. 

Đức cha Phanxicô Xaviê Lê Văn Hồng nhậm chức vào ngày 20-8-2012, và chính thức khởi đầu sứ vụ Tổng Giám mục TGP. Huế ngày 12-9-2012.